۱۳۹۶ بهمن ۲۸, شنبه

صادق خلخالی نماد «انقلاب اسلامی» 
ایرج مصداقی
 
نزدیک به ۴ دهه از انقلاب ضد‌سلطنتی می‌گذرد، تشکیل دادگاه‌های انقلاب اسلامی، اولین نماد و شاخص «ملاخور» کردن انقلابی است که مردم ایران به امید برخورداری از آزادی و یک زندگی بهتر به آن چشم‌دوخته بودند.
اگرچه اولین قدم برای نابودی دستاوردهای انقلاب مشروطه و جامه عمل پوشاندن به آرزوهای مشروعه‌طلبان با صدور فرمان خمینی برای تشکیل شورای انقلاب مرکب از ۶ روحانی پیش از سقوط نظام سلطنتی برداشته شده بود اما تشکیل دادگاه انقلاب، اولین قدم پس از فروپاشی نظام سلطنتی در جهت حاکم کردن روحانیون بر جان و مال مردم و تشکیل یک حکومت دینی بود. خلخالی نماد و شاخص جریانی بود که می‌رفت تا سرنوشت مردم را در دست بگیرد. متأسفانه این روند با تأیید و پشتیبانی گروه‌های چپ و مجاهدین و سکوت بسیاری از نیروهای ملی و مترقی صورت گرفت. در واقع ریشه‌ی جنایات بعدی نظام را بایستی در سنگ‌بنای اولیه‌ی تشکیل دادگاه‌های انقلاب دید، واقعیتی که هیچ‌یک از گروه‌های سیاسی تاکنون مسئولیت خود در آن را نپذیرفته‌اند.
 
***
محمدصادق صادقی‌گیوی معروف به صادق خلخالی در سال ۱۳۰۵ در گیوی از توابع خلخال به دنیا آمد و در هفده سالگی به قم عزیمت کرد و همدرس و هم مباحثه مصطفی خمینی شد. وی به مدت سیزده سال نزد خمینی دروس طلبگی خواند و از روابط نزدیکی با وی و مصطفی خمینی برخوردار شد به گونه‌ای که در دوران تبعید نیز به مکاتبه با یکدیگر می‌پرداختند و خمینی با الفاظ مهربانانه‌ای از او یاد می‌کرد.
خلخالی سابقه‌ی زندان و محکومیت نداشت اما پس از غائله‌ی ۱۵ خرداد و تحرک خمینی چندین مرتبه بازداشت شد و به مدت چهار سال در انارک، بندر لنگه، لار، بانه، رفسنجان و رودبار به صورت تبعید زندگی کرد.
نظام شاهنشاهی حتی‌المقدور بر روحانیون طرفدار خمینی سخت‌گیری نمی‌کرد. این دسته روحانیون با صلاحدید ساواک دستگیر و زندانی نمی‌شدند بلکه غالباً به تبعید بسنده می‌‌کردند. روحانیونی که زندانی می‌شدند غالباً در ارتباط با حمایت مالی و یا تبلیغی از مجاهدین دستگیر شده بودند و یا به نوعی پرونده‌شان با اقدامات مسلحانه گره خورده بود.
خلخالی سه فرزند داشت. مهدی، محمد و فاطمه. مهدی فرزند ارشد وی، که از شاگردان احمد فردید و علاقمندان هایدگر محسوب می‌شود، مدافع سرسخت پدر و اقداماتش است. وی در سال ۱۳۵۳ دستگیر و به ۴ سال زندان محکوم شد. در دوران قطب‌زاده به وزارت امور خارجه پیوست و از سال ۵۹ تا ۶۰ به مدت یک سال به عنوان وابسته فرهنگی در سفارت ایران در مسکو مشغول کار بود و سپس به آلمان اعزام شد.
فاطمه صادقی دارای دکترای علوم سیاسی و استاد دانشگاه از جمله فعالان حقوق زنان است که در دانشگاه هم کرسی تدریس دارد و از جمله زنان پیش‌رو محسوب می‌شود که نظریاتش با پدرش در تقابل است اما مایل نیست در مقابل اقدامات پدرش موضع‌گیری کند. سخنرانی‌های وی در پاریس در حالی که کشف حجاب کرده بود در فضای مجازی انتشار یافت. فاطمه صادقی در سال‌های ۲۰۰۸ تا ۲۰۱۰ به عنوان پژوهشگر در مؤسسه‌ی بین‌المللی مطالعات اسلام در عصر مدرن(ISIM)  و دانشکده علوم سیاسی در دانشگاه آمستردام هلند مشغول فعالیت بوده است.
محمد صادقی فرزند دیگر صادق خلخالی است که در اعتراضات یکم اسفند ۱۳۸۹ توسط نیروهای امنیتی بازداشت و پس از یک روز آزاد شد. غفور صادقی گیوی برادر وی که متولد ۱۳۱۰ بود و سوادی در حد دوران متوسطه داشت نیز نماینده‌ی خلخال در دوره‌ی اول مجلس شورای اسلامی بود که در سال ۶۱ دستگیر و مدتی در اوین زندانی بود.
 
«دیوانه‌‌ای زنجیری»، اولین حاکم شرع منتخب خمینی
دختر خمینی در مورد رابطه‌‌ی خلخالی و خمینی می‌گوید:
«در سال ۱۳۴۲، در شبی که مشخص شد فردا می‌آیند و امام را دستگیر می‌کنند، جمعیت کثیری از مردم قم آمدند خانه ما. خانه پر شده بود از دوستداران امام که می‌گفتند ما اینجا می‌مانیم که آقا را نبرند و کسی هم به آقا بی‌ادبی نکند. آقا داد زدند که «همه بیرون، لازم نیست». همه رفتند. در خانه را بستیم و آمدیم تو که دیدیم آقای خلخالی رفته یک گوشه خوابیده. گفت: «آقا مرا بکشید هم از اینجا نمی‌روم. می‌مانم و فردا مگر از روی نعش من عبور کنند و شما را ببرند». آقا اجازه دادند آقای خلخالی در خانه بماند. بعد هم رو کردند به ما و گفتند ما به این‌جور آدم‌های خالص نیاز داریم» [1]
 
خلخالی پس از حضور خمینی در پاریس به دیدار او شتافت و ۱۲ روز قبل از ورود وی به  ایران، به کشور بازگشت. مرتضایی‌فر در مورد دیدار خلخالی با خمینی پس از بازگشت وی می‌گوید:‌
«آیت‌الله خلخالی که بیش از همه از دیدن امام و سلامت کامل ایشان خوشحال شده و به وجد آمده بود، ناخودآگاه با همان عبا و عمامه شروع کرد به رقصیدن در جلوی امام! و امام هم از کار ایشان به‌شدت خنده‌شان گرفت و همین موضوع، فضای کل مدرسه رفاه را عوض و شاد کرد.» [2]
خلخالی در ۲۴ بهمن ۱۳۵۷ با حکم خمینی به عنوان حاکم  شرع دادگاه‌های انقلاب منصوب شد و در این دوره صدها نفر به حکم وی اعدام شدند که بسیاری از آنان وابستگان حکومت پهلوی بودند.
 
در حکمی که خمینی با دستخط خود خطاب به خلخالی نوشته آمده است:‌
«جناب حجت‌الاسلام آقای شیخ صادق خلخالی دامت‌افاضه، به جنابعالی مأموریت داده می‌شود تا در دادگاهی که برای محاکمه متهمین و زندانیان تشکیل می‌شود حضور به‌هم رسانده و پس از تمامیت مقدمات محاکمه با موازین شرعیه حکم شرعی صادر کنید. » [3]
خمینی حکم تشکیل دادگاه را به کسی داده بود که از دیرباز «خالص» می‌شمرد و بیش از همه به او اعتماد داشت.
دکتر ابراهیم یزدی در مورد چگونگی تشکیل دادگاه انقلاب و انتصاب خلخالی از سوی خمینی به عنوان حاکم شرع می‌گوید:‌
«یکی از این اقدامات، ارایه طرح تشکیل دادگاه انقلاب بود. آقای خمینی به این شرط آن را پذیرفت که حاکم شرع حکم نهایی را بدهد. عده‌ای از حقوقدانان به دفتر نخست‌وزیر فراخوانده شدند و آنان طرح اولیه دادگاه انقلاب را تهیه کردند. به موجب اساسنامه آن، دادستان را نخست وزیر مهندس بازرگان و رئیس دادگاه را رهبر انقلاب، آقای خمینی تعیین می‌کرد. دادستان ابتدا پرونده‌ها راتنظیم و آماده می‌کرد و سپس آن را برای محاکمه به دادگاه ارایه می‌داد. با معرفی گروه حقوقدانان، آقای مهندس بازرگان حکم دادستانی را به نام آقای احمدیان صادر کرد. آقای خمینی هم دو نفر را معین کرد: صادق خلخالی و دیگری ربانی شیرازی. 
آیت‌الله ربانی‌شیرازی این مأموریت را نپذیرفت. آقای خمینی از من خواست تا با ربانی‌شیرازی صحبت کنم و او را متقاعد سازم که بپذیرد. ربانی شیرازی به من گفت که تو خلخالی را نمی‌شناسی، او یک دیوانه زنجیری است. من نمی‌توانم با او کار بکنم. آقای خمینی باید یکی از ما دو نفر را انتخاب کند. با امتناع ربانی‌شیرازی از قبول مسئولیت، آقای خمینی دو نفر دیگر آقایان انواری و جنتی [4] را منصوب کرد. 
از طرف دیگر، دو روز بعد از انتصاب آقای احمدیان به عنوان دادستان توسط آقای مهندس بازرگان، آقای خمینی، بدون هماهنگی با نخست‌وزیر، آقای هادوی را به سمت دادستان دادگاه انقلاب منصوب کرد. معنای این کار کوتاه کردن دست دولت از دادگاه انقلاب بود.  ... با انتصاب هادوی به دادستانی دادگاه‌های انقلاب، مدیریت و مسئولیت این دادگاه‌ها به‌طور کامل از کنترل دولت و معاونت نخست وزیر در امور انقلاب خارج شد و مستقیماً زیر نظر امام خمینی قرار گرفت. 
آقای هادوی اگر چه دادستان منصوب آقای خمینی بود، اما حقوقدانی اصول‌گرا و منضبط بود. او اصرار داشت که دادگاه تنها به پرونده‌هایی رسیدگی کند که دادستانی آن‌ها را آماده کرده و به دادگاه ارجاع ‌می‌دهد. اما خلخالی زیر بار نمی‌رفت و چندین بار با هم شدیداً برخورد پیدا کرده بودند به‌طوری که هادوی تصمیم به کناره‌گیری گرفت. با درخواست آقای خمینی تیم دادستانی و دادگاه را به قم بردم. این جلسه در حضور آقای خمینی سه ساعت به طول انجامید. هادوی مشکلات کار دادستانی را توضیح داد. اما خلخالی نمی‌پذیرفت و می‌گفت در اسلام ما دادستانی نداریم و قاضی به علم خود عمل می‌کند. آقای خمینی به او گفت که اولاً تنها می‌تواند پرونده‌هایی را رسیدگی کند که دادستان، یعنی آقای هادوی، به او ارجاع می‌دهد و ثانیاً به هیچ پرونده‌ای جز آنچه مربوط به ایادی رژیم سابق است رسیدگی نکند (خلخالی چند نفری را به جرم لواط اعدام کرده بود، که بعداً معلوم شد، بعضی از آن‌ها بی‌گناه بودند). اما خلخالی کار خود را می‌کرد. همان شب وقتی از قم برگشتیم او با تیم‌اش به زندان قصر رفت و ۱۱ یا ۱۲ نفر را همان شب تیرباران کردند که خبر آن را اعضای دولت در اخبار ساعت ۷ صبح از رادیو شنیدند. » [5]
به این ترتیب خمینی یک «دیوانه‌ زنجیری» را به اطرافیان مورد اعتمادش ترجیح داد و او را حاکم جان و مال و ناموس مردم کرد.
با این وجود یزدی در ابتدا یکی از مدافعان دادگاه انقلاب و احکام صادره از سوی خلخالی بود. چنانچه طی مصاحبه‌ای که سوم اسفند ۱۳۵۷، انتشار یافت درباره‌ی دادگاه‌های انقلاب و مجازات اعدام مقامات رژیم پهلوی، اینگونه اظهار داشت:
«به موجب پیشنهاد شورای انقلاب اسلامی و دستور صریح رهبر انقلاب حضرت آیت‌الله العظمی امام خمینی، دستور تأسیس دادگاه های فوق‌العاده انقلاب اسلامی را به دولت صادر فرموده اند و بر اساس امر امام، دادگاه‌های مخصوص تشکیل شده است تا به حساب جنایت‌ها، آدمکشی‌ها، خیانت‌ها و چپاول‌ها و غارتگری‌هایی که به دست عمال کثیف رژیم سابق انجام شده است، رسیدگی نماید و بر طبق موازین قضاء شرع اسلام و مقررات اسلامی، آن‌ها را به مجازات برساند. و همانطور که می‌دانید دو گروه از این جنایتکاران در دادگاه انقلابی محاکمه و به جزای اعمال خودشان رسیده اند.» [6]
خمینی هم همچون خلخالی معتقد بود در اسلام نیازی به دادستان نیست. به همین دلیل هادوی ۹ اسفند ۱۳۵۷ توسط خمینی و با هدف بی‌ اثر کردن حکم بازرگان، به دادستانی کل انقلاب اسلامی منصوب شد در حالی که پیش از آن ماشین اعدام بدون دادستان آغاز به کار کرده بود و هر روز بر سرعت و شتاب آن افزوده می‌شد. از آن‌جایی که هادوی درس‌آموخته‌ی تاریکخانه‌های حوزه علمیه نبود و درس حقوق خوانده بود و در تشکیلات دادگستری نظام پهلوی تجربه قضایی اندوخته بود مطلقاً مورد اعتماد خمینی نبود و او را شایسته‌ی چنین جایگاهی نمی‌شناخت. به همین دلیل از همان ابتدا احمد آذری قمی یکی از خشک‌مغزهای حوزه علمیه قم را به دادستانی انقلاب اسلامی مرکز انتخاب کرد تا ضمن آن که بر روند اسلامی کردن دادگاه‌ها و دادگستری نظارت می‌کند زمینه‌ی تسلط احکام شریعت برجان و مال مردم را ایجاد کند. خمینی در مردادماه ۵۸ هنگامی که روحانیت به قدر کافی قدرت‌ یافته بود و پایه‌های نظام اسلامی مستحکم شده بود، حضور شکلی هادوی را نیز برنتافت و ضمن برکناری او علی قدوسی یکی از گردانندگان مدرسه حقانی را به دادستانی کل انقلاب اسلامی منصوب کرد.
 
خلخالی در خاطرات خود در مورد نحوه انتخابش به عنوان حاکم شرع می‌نویسد:
«خدا شاهد است که ما برای تصدی این مقام کوچکترین تلاشی نکردیم و حتی تا زمانی که به من ابلاغ شد از آن اطلاعی نداشتم. آقا سید‌روح‌الله خمینی با شناختی که از روحیه انقلابی من داشتند عصر روز ۲۴ بهمن ۵۷ مرا به دفترشان احضار کردند و فرمودند: این حکم را به نام شما نوشته‌ام. حقیر پس از دیدن حکم به حضورشان  عرض کردم: آقا این حکم سنگین است. فرمودند: برای شما سنگین نیست. گفتم مخالفین و وابستگان به طاغوتیان علیه من تبلیغ می‌کنند. آقا فرمود: من پشتیبان شما هستم و بالاخره این حکم را به کسی بدهم که به او اطمینان داشته باشم.»  [7]
 
اقدامات جنایتکارانه‌ی خلخالی پس از دریافت حکم خمینی
خلخالی در مورد اقداماتش پس از دریافت حکم خمینی می‌نویسد: 
«اینجانب، پس از دریافت حکم به محاکمه مجرمین درجه یک پرداختم، اوّلین کسانی که در دادگاه محاکمه و به جزای عمل خود رسیدند، عبارت بودند از: نعمت‌الله نصیری، رئیس سازمان ساواک و خسروداد، فرمانده هوانیروز و ناجی، فرماندار نظامی اصفهان و رحیمی، فرماندار نظامی تهران و رئیس شهربانی کلّ کشور، این چهار نفر در شب ۲۴ بهمن ماه ۱۳۵۷، در مدرسه رفاه اعدام شدند و حکم اعدام آن‌ها را اینجانب صادر کردم. در آن شب، من تعداد ۲۴ نفر را محکوم کرده بودم که به علت دخالت‌ها، فقط دستور اعدام چهار نفر یاد شده را صادر کردم. آن‌ها در پشت بام مدرسه رفاه اعدام شدند و این اوّلین اعدام ما بود. البتّه، من با خوردن خون دل، سرانجام توانستم در جا همان ۲۴ نفر را به تدریج اعدام کنم. سالارجاف، نیز در میان آن‌ها بود....همه افرادی که در دادگاه های انقلاب محکوم به اعدام شدند، از مصادیق بارز "مفسد فی الارض" بودند و تحت همین عنوان هم اعدام شدند.... من عقیده داشتم و حالا هم معتقدم که تمام وکلای مجلسین شورا و سنا و همه استانداران و رؤسای ساواک و شهربانی که از سال ۴۲ به بعد و پس از تحریم امام بر سر کار بودند، محکوم به اعدام می‌باشند .... مدیران کلّ، در وزارتخانه‌ها که خود، عامل اصلی بقای دستگاه بودند و به خاطر تقرّب به شاه و خانواده او به هر ذلّتی تن می‌دادند، محکوم هستند. خلاصه این که همه افرادی که از همان اوایل تأسیس دادگاه‌های انقلاب اسلامی و در زندای قصر، به حکم اینجانب اعدام شدند، مفسد فی‌الارض بودند و به حکم قرآن خون‌شان هدر بود. آنان یا از هزار فامیل بودند، یا فراماسون بودند و یا ساواکی و ایران فروش و جامعه بر باد ده. نمی‌شد یکی از آن‌ها را به حکم قرآن تبرئه کرد. » [8]
در فروردین ۵۸ کار دادگاه انقلاب برای مدت کوتاهی متوقف شد و سپس با تصویب «آئین‌نامه تشکیل و نحوه رسیدگی دادگاه‌های انقلاب اسلامی» در جلسه مورخ ۱۲ فروردین شورای انقلاب، دوباره در ۱۵ فروردین آغاز به کار کرد، اما هیچ یک از مواد آن به جز تأکید روی اجرای حکم در عرض ۲۴ ساعت، اجرا نشد. در ماده‌ ۳ این آئین‌نامه مقرر می‌داشت که «دادگاه انقلاب مرکب از سه نفر عضو اصلی و دو عضو علی‌‌البدل خواهد بود. اعضای اصلی عبارتند از: الف- یک قاضی شرعی به پیشنهاد شورای انقلاب اسلامی تصویب امام مدظله. ب- یک حقوقدان به انتخاب قاضی شرع. ج- یک نفر مورد اعتماد مردم و آگاه به مقتضیات انقلاب اسلامی و دارای عدالت با تعیین شورای انقلاب.» [9]  
 
روز ۱۸ فروردین سال ۵۸، پس از شروع دوباره کار دادگاه انقلاب، خلخالی با سیزده مأمور خود وارد زندان قصر تهران شد و تلفن‌ها را قطع کرد تا به زعم خود از اعمال نفوذ جلوگیری کند. به دنبال محاکمه‌ای کوتاه هنگام تنفس، هویدا با گلوله‌ی هادی غفاری به قتل رسید و سپس خلخالی حکم اعدام را صادر کرد.
خلخالی در مورد درخواست‌های هویدا پیش از مرگ می‌گوید:‌
«... [پس از تشکیل جلسه محاکمه هویدا و انجام دفاعیات او و صدور حکم اعدام] هویدا در حالی که عرق می‌ریخت، گفت: حضرت خلخالی! من نمی‌گویم مرا اعدام نکنید؛ ولی خواهش می‌کنم به مدت دو ماه اعدام مرا به تأخیر بیاندازید. دولت موقت به من وعده داده است. من گفتم: اصل تفکیک قوای ثلاثه: مقننه و قضائیه و مجریه را دولت موقت هم قبول دارد.
خلاصه هرچه او اصرار کرد، من قبول نکردم و گفتم وصیت خود را بنویس!
او گفت: حضرت خلخالی! یک میلیارد دلار به شما می‌دهم تا شما این کار را به عقب بیاندازید.
گفتم: اینها شعر است و من نمی‌توانم در پیشگاه ملت ایران، جوابگوی تأخیر محاکمه و اعدام شما باشم.
هویدا گفت: سلام مرا به مادرم برسانید، و بگویید به دیدن من بیاید؛ چون او علاقه زیادی به من دارد و غیر از من کسی را ندارد.
گفتم: مادران زیادی بودند که گریه می‌کردند، ولی نتوانستند عزیزان خود را قبل از اعدام ببینند؛ ولی ما هر چه گشتیم تا مادر هویدا را به دیدن پسرش ببریم او در دسترس نبود.
... هویدا حاضر به نوشتن وصیت نشد تا شاید دستور اعدام او به تأخیر افتد و همین را فرجه حساب می‌کرد و شاید تصور می‌کرد، دستی از غیب برای نجات او بیرون بیاید؛ ولی چاره‌ای نداشتیم و سرانجام حکم را اجرا کردیم.» [10]
ادعای این که هویدا به او پیشنهاد یک میلیارد دلار رشوه برای تعویق حکم اعدام داده است تنها از ذهن بیمار خلخالی برمی‌آید چرا که هویدا جز یک آپارتمان و یک اتومبیل پیکان هیچ چیز دیگری نداشت که حتی نظام اسلامی مصادره کند. ادعای تلاش برای پیدا کردن مادر هویدا در نیمه‌شب یکی دیگر از دروغ‌های خلخالی است. هویدا دستگیر نشده بود، او با پای خودش به مدرسه رفاه رفت و خود را معرفی کرد. این حقیقت را وی در داگاه نیز بیان داشت. [11]
ابراهیم یزدی می‌گوید پس از اعدام مشهور [نصیری، رحیمی، ناجی، خسروداد] بالای پشت‌بام مدرسه علوی، مشاهده می‌کند که خلخالی و همراهانش درحال نگارش کیفرخواست متهمان هستند. حتی حکم اعدام و مصادره‌ی اموال آن‌ها نیز روز بعد صادر شده است. بسیار یاز صاحب‌منصبان کشوری و لشکری دوران پهلوی توسط خلخالی در دادگاه‌هایی که با هیچ یک از معیارهای حقوقی و قضایی همخوانی نداشت به جوخه‌های اعدام سپرده شدند. در میان آن‌ها می‌توان به عباسعلی خلعتبری وزیر‌امور خارجه دولت هویدا، غلامرضا کیانپور وزیر اطلاعات و جهانگردی و دادگستری کابینه هویدا و آموزگار، غلامرضا نیک‌پی شهردار تهران، منوچهر آزمون وزیر مشاور، وزیر کار، رئیس خبرگزاری پارس، محمدرضا عاملی‌تهرانی وزیر اطلاعات و جهانگردی، مهندس عبدالله ریاضی و دکتر جواد سعید رؤسای مجلس شورای ملی، محمود جعفریان مدیرعامل سازمان رادیو تلویزیون، پروفسور جمشید اعلم سناتور، یوسف خوش‌کیش رئیس بانک مرکزی، سناتور محمد‌علی علامه وحیدی، ارتشبد نعمت‌الله نصیری، سپهبد نادر جهانبانی، سپهبد امیرحسین ربیعی، سپهبد مهدی رحیمی، سپهبد بیوک‌امین افشار، سپهبد احمد بید‌آبادی، سپهبد ناصر مقدم، سپهبد جعفرقلی صدری، سپهبد علی حجت‌کاشانی، سپهبد محمدتقی مجیدی، سپهبد ابوالحسن سعادتمند، سپهبد هاشم برنجیان، سپهبد دکتر فخر مدرس، سرلشکر رضا ناجی، سرلشکر منوچهر خسروداد، سرلشکر حسن پاکروان، سرلشکر ایرج مطبوعی، سرلشکر علی نشاط، سرلشکر پرویز امینی افشار، سرلشکر غلامحسین شمس‌تبریزی، سرلشکر علی‌اکبر یزدجردی، سرلشکر اصغر جلالی، حبیب‌الله القانیان، رحیم‌علی خرم سرمایه‌دار و ... اشاره کرد.
اما صدور و اجرای حکم اعدام انقلابی خلخالی تنها به وابستگان نظامی و امنیتی و سیاسی نظام پادشاهی ختم نمی‌شد، روزنامه اطلاعات در تاریخ ۱۵ اسفند ۱۳۵۷ در تیتر یک خود از تیرباران ۷ تن به اتهام «لواط» خبر داد و نوشت که این ۷ اعدام برای نخستین بار در تاریخ ایران و به حکم دادگاه انقلاب اسلامی رخ داده است.
خلخالی در صدد اعدام بازیگران سینما به اتهام زنا و فساد و ... هم بود. او در پاسخ به سؤال پیام فضلی‌نژاد می‌گوید:‌
«کدام بازیگر متهم به زنا بود؟
صادق خلخالی: همین که ... موی سرخ را بازی کرده....
مو سرخه منظورتان است، آقای ایرج قادری؟!
صادق خلخالی: آهان. همین آقا را آوردند پهلوی من، تعریف کردند که چه کار کرده با این زن‌های تو فیلم. حکمش اعدام بود، اما شانس آورد که چی شد اعدام نشد یا پشیمان شدم » [12]
 
خلخالی، مطهری را مانع اعدام نصرت کریمی و دیگر فیلم‌سازان ایرانی معرفی می‌کند:‌
«پیام فضلی‌نژاد : پرونده‌ای برای فیلم‌نامه نویس و كارگردان فیلم محلل بدان جهت كه آن را اشاعه می‌دانستید، در دادگاه انقلاب گشوده نشد؟
صادق خلخالی: به هر حال قصدمان بود كه با این جماعت چنان برخورد شود كه دیگر كسی فكر اهانت به مقدسات به ذهنش خطور نكند. سازنده محلل را من بودم اعدام می‌کردم. به مطهری هم گفتم با چند تا اعدام این‌ها ادب می‌شوند و چند سال بیمه‌ایم. یعنی جامعه بیمه است. اما ایشان زیاد موافق نبود و امام هم از طریق آقای مطهری متوجه شدند موضوع برخوردها را که بنا داشتیم بکنیم و منع کردند.» [13]
 
وی در خاطرات خود، از اینکه نتوانسته بسیاری از کسانی را که قصد اعدام آنها را داشته به جوخه اعدام بسپارد، ابراز ناخرسندی کرده‌است.
او در گفتگوی با حسین مهری از این که نتوانسته تعدادی از وابستگان نظام سلطنتی را اعدام کند و آن‌ها قادر به فرار شده‌اند، اظهار تأسف می‌کند و می‌گوید:‌
«آذری قمی می‌گفت حسن شما این است کسی را که محکوم به اعدام می‌کنی می‌ایستی حکم اعدام اجرا شود بعد می‌روی می‌خوابی» [14]
خلخالی مبتکر قتل‌های خودسرانه نیز بود. حکم قتل سید‌جواد ذبیحی یکی از مداحان دوران پهلوی نیز توسط خلخالی صادر شد و توسط عوامل‌اش اجرا شد. آن‌ها با مراجعه به درب منزل ذبیحی به بهانه‌ی اجرای مراسم نیایش او را با خود بردند و به قتل رساندند. روزنامه اطلاعات  گروه شاهین را عامل قتل  ذبیحی معرفی کرد. خلخالی وی را در لیست اعدام شدگان خود قرار داده است. 
تقی‌ روحانی گوینده و مجری رادیو نیز توسط خلخالی به مرگ محکوم شد. روحانیبه جرم تبلیغ به نفع رژیم پهلوی به ۵ سال حبس محکوم شد که باید ۲ سال اول محکومیت خود را در زندان ایرانشهر و سه سال باقی‌مانده را در زندان‌های تهران می‌گذراند. وی همچنین به علت اعتراف به شرب خمر به ۸۰ ضربه شلاق نیز محکوم گردید. روحانی در روز ۱۱ مهرماه ۱۳۵۸ در حالی که برای طی دوران محکومیتش به ایرانشهر برده می‌شد، از سوی گروه مسلح یک بار مصرف «توحیدی مستضعف» ربوده شد و در بیابان‌های اطراف جاده آرامگاه به‌شدت مضروب شد. ضاربین به تصور آن که وی به قتل رسیده او را به حال خود رها کردند. روحانی که در کما رفته بود، در اثر ضربات وارده فلج شد و قدرت تکلم خود را از دست داد. گفته می‌شد ربایندگان زبان وی را بریده بودند.
خلخالی همچنین بسیاری از مقامات پهلوی را در کنار خود محمدرضا شاه و اکثر اعضای خانواده‌اش «مفسد فی الارض» نامیده و به اعدام غیابی محکوم کرد. او برای ترور آنان در خارج از کشور تلاش‌هایی صورت داد. ۱۶ آذر ۱۳۵۸ شهریار شفیق پسر اشرف پهلوی که یکی افسران خوشنام نیروی دریایی بود به جای برادرش شهرام در پاریس ترور شد.
گفته می‌شد ترور ارتشبد غلامعلی اویسی در پاریس و تلاش برای ترور بختیار بر اساس احکام صادره از سوی وی صورت گرفت.
پس از عزیمت محمدرضا شاه به مکزیک، خلخالی اعلام کرد که گروهی از اعضای فدائیان اسلام را برای ترور وی اعزام کرده‌است. او همچنین گفت با کارلوس تروریست معروف آمریکای جنوبی برای ترور شاه هماهنگی صورت داده است که هر دو بلوف بود.
در پشت جلد کتاب «ایام انزوا»‌، خاطرات خلخالی آمده است:‌
«من حاکم شرع بودم و پانصد و چندنفر از جانیان و سرسپردگان رژیم شاه را محاکمه و اعدام کردم و صدها نفر از عوامل غائله کردستان و گنبد و خوزستان و شماری از عوامل اشرار و قاچاقچیان موادمخدر را هم کشتم و اکنون در مقابل این اعدام‌هایی که کردم، نه پشیمانم و نه گله‌مند و نه دچار عذاب وجدانم.»
 
خلخالی در گفتگو با خبرنگاران حق اعتراض زندانی نسبت به حکم صادره، برخورداری از وکیل مدافع، وجود هیأت منصفه در دادگاه و محاکمه طبق آیین دادرسی را شیوه‌ای اروپایی خوانده و مخالفت خود را با آن‌ها اعلام کرد. وی همچنین مدعی شد وقتی از نظر شرعی کسی مجرم شناخته شد، دادن آب و غذا به وی حرام است و باید مجرم بلادرنگ اعدام شود. با این وجود نه تنها هیچ کس به اعتراض و شکوه لب نگشود بلکه گروه‌های سیاسی به حمایت از وی و دادگاه‌های انقلاب پرداختند. او بدون پشتیبانی گروه‌های سیاسی نمی‌توانست به جنایات خود ادامه دهد.
 
حمایت تمام‌عیار گروه‌های سیاسی از جنایات خلخالی
سازمان چریک‌های فدایی خلق در بیانیه‌ای اعدام هویدا را یک اقدام انقلابی نامید و خواهان ادامه کار دادگاه‌های انقلابی شد. در بیانیه آمده بود:
«امیر عباس هویدا نوکر گوش‌به‌فرمان امپریالیسم و خدمتگزار کاسه‌لیس دستگاه شاه اعدام شد. این مزدور که ۱۳ سال یکی از گردانندگان دستگاه حکومت فاشیستی شاه و مجری جنایات بیشمار در حق خلق قهرمان ایران بوده است به سزای اعمال کثیف خود رسید. سازمان چریک‌های فدایی خلق ایران ضمن اظهار کمال خرسندی از این اقدام انقلابی، معتقد است پاسخ به ضرورت سرکوب و مجازات ضد‌انقلاب موضعی است کاملاً‌ انقلابی که مورد حمایت و پشتیبانی همه نیروهای مبارز خلق قرار خواهد گرفت. ما نیز معتقدیم آنان‌که سال‌ها به قیمت خون هزاران مبارز میهن ما نردبان ترقی در نوکرصفتی را طی کرده‌اند، آنان‌که جز دزدی و غارتگری، جز نوکری اربابان‌شان آمریکا و جز تشدید فقر و بدبختی توده‌های ستمکش خلق جز خیانت به ایران و خلق قهرمان آن هیچ نقشی نداشته‌اند، نباید سرنوشتی جز  این داشته باشند. ... ما برای اثبات جنایات امثال هویدا احتیاج به سند نداریم چرا که به قول کاملاً‌ مستدل آیت‌الله خمینی «این‌ها متهم نیستند، این‌ها مجرم هستند. این را ۳۷ میلیون مردم ایران نیز شهادت دادند.»[15]
حزب توده یکی از اصلی‌ترین جریان‌های مدافع‌ دادگاه‌های انقلاب در حمایت از وی چنین نوشت:
«... آنان از این که دادگاه‌های انقلابی آیین‌نامه تصویب شده ندارند، جریان دادگاه‌ها علنی نیست، متهمین وکیل مدافع ندارند و غیره شکایت می‌کردند. ... بگذار بانگ رسای جنبش انقلابی ایران صدای اربابان جنایتکار رژیم سابق را که از گلوی مدافعین دروغین حقوق بشر بیرون می‌‌آید خفه کند.»[16]
 
گروه‌های سیاسی نه تنها به روند دستگیری‌ها و محاکمه‌ها و اعدام‌های غیرقضایی سران رژیم پهلوی اعتراض جدی نداشتند بلکه همچنان خواستار ادامه‌ی کار به همان شیوه و سبک و سیاق بودند و در پنهانی و آشکار بدون توجه به پیامد‌های آن، ادامه‌ی کار دادگاه‌ها و دادسراهای انقلاب را می‌خواستند.
 
حزب توده در چنین ایامی در حمایت از خلخالی سنگ تمام گذاشت:
«رئیس دادگاه‌های انقلاب، این بازوی توانا و کارای انقلاب، به مردم نوید مهمی داد و به ضدانقلاب هشداری جدی، علی‌رغم توطئه‌های خارجی و داخلی، علی‌رغم اشک‌های تمساح، که به نام "حقوق بشر" و "موازین قضا" توسط پایمال‌کنندگان بی‌شرم این حقوق و موازین به زمین ریخته می‌شود،... حضرت ‌آیت‌الله خلخالی گفت که کار دادگاه‌های انقلاب همچنان ادامه خواهد یافت...» [17]
 
البته در همان دوران نیز این‌جا و آن‌جا غرولندهایی بود و گروه‌‌های سیاسی اطلاعیه‌هایی مبنی بر برگزاری دادگاه‌های علنی صادر می‌کردند. اما این اطلاعیه‌‌ها رعایت حقوق متهمان و یا مخالفت با آیین دادرسی به کارگرفته شده در این محاکمه‌ها را مد نظر نداشتند، بلکه اعتراض به عدم افشای جنایت‌‌های رژیم شاه، شیوه‌‌ها و کارکرد‌ آن بود.
سخنگوی چریک‌های فدایی خلق در مصاحبه خود با مطبوعات در مورد اعدام‌های انقلابی گفت:‌
«اعدام‌های انقلابی نتیجه‌ی فشار نیروهای ترقیخواه و انقلابی بر سازشکارانی است که ندای عفو عمومی را ساز کرده بودند. این اعدام‌ها ضدانقلاب را تضعیف می‌کند و امری کاملاً واجب است ما قاطعانه از این اعدام‌ها حمایت می‌کنیم و نقش قاطع آیت‌الله خمینی در حمایت از خواست نیروهای انقلابی سبب شد که اعدام خائنان و جنایتکاران دوباره از سر گرفته شود. وقتی جوانان ما را در شکنجه‌گاه‌ها اعدام می‌کردند، امپریالیسم با همکاری همین جنایتکاران میلیون‌ها نفر را در فقر و گرسنگی قرار می‌داد. آن‌هایی که در خارج از اعدام هویدا ابراز نگرانی می‌کنند دقیقاً همان کسانی هستند که ایران را غارت کردند. آن‌ها با حمایت از هویدا قصد حمایت از ضد انقلاب را دارند. ما آن‌ها را آزادیخواه نمی‌دانیم. شیوه محاکمات در سرنوشت این جنایتکاران تغییری نمی‌دهد. برای میلیون‌ها نفر  ایرانی که سال‌ها خیانت این‌ها را دیده‌اند و از موارد متعدد جرمشان آگاه هستند مورد مبهمی باقی نمی‌ماند. اعدام این جنایتکاران انسانی‌ترین کار است. البته خوب اگر دادگاه‌‌ها علنی‌تر بود و مردم هم می‌توانستند محاکمه جنایتکاران را مستقیماً از تلویزیون ببینند و یا در آن شرکت داشته باشند بهتر بود. اما ما قویاً از این دادگاه‌های انقلابی پشتیبانی می‌کنیم.» [18]
 
کیانوری هنگام بازگشت به ایران در گفتگو با روزنامه کیهان در مورد دادگاه‌های انقلاب گفت: «این‌ها انقلاب ایران را سربلند کردند. زوزه‌هایی که در غرب علیه این احکام انقلابی می‌کشند زوزه‌های دل‌سوختگان است که نه‌تنها پایگاه بلکه مهره‌های تربیت‌شده خود را هم از دست می‌دهند. البته ما خیلی خوشحال می‌شدیم اگر مذاکراتی که در این دادگاه‌ها می‌شود به اطلاع عموم می‌رسید.» [19]
 
در اول خردادماه ۱۳۵۸ در پی صدور حکم اعدام شاه و عده‌ای از اعضای خانواده پهلوی و اعتراضات داخلی و بین‌المللی نسبت به احکام صادره توسط خلخالی، و بالاگرفتن موضوع اعدام القانیان و محکومیت آن توسط سازمان‌های حقوق بشری و  سنای آمریکا، وی مجبور به استعفا از دادگاه انقلاب شد.  [20]
اما روز سوم خرداد خلخالی مصاحبه کرد و گفت با استعفای او موافقت نشد، اما مرجع آن را مشخص نکرد. روزنامه اطلاعات همان روز گزارش داد که وی روز دوم ۲ خرداد در دادگاهی که در قزوین تشکیل شد شرکت و محکم محکومیت ۶ نفر را صادر کرد. این روزنامه همچنین خبر داد که روز سوم خرداد خلخالی در یکی از شهرهای شمالی کشور به عنوان حاکم شرع حضور خواهد یافت. [21]
 
حزب توده در ارتباط با استعفای خلخالی نوشت:
«خبر مربوط به استعفای آیت‌الله خلخالی حاکم شرع با آن‌که خوشبختانه مورد قبول قرار نگرفت و هرگونه نگرانی را از بابت این استعفا و احتمالاً‌ انعکاس آن روی ادامه‌ کار دادگاه‌های انقلابی برطرف کرد، با تعجب و تأسف همه‌ی میهن‌پرستان روبرو شد. اظهارات آقای یزدی وزیر امورخارجه درباره سمت آقای خلخالی در دادگاه‌های انقلابی و پاسخ و استعفای آقای خلخالی به دنبال آن، انگیزه‌ این تأسف و تعجب ما بود. ما صرف‌نظر از هر سلیقه‌ی شخصی که در باره‌ی نحوه کار دادگاه‌های انقلابی وجود داشته باشد، اعلام می‌داریم که کار دادگاه‌ها می‌بایست ادامه یابد و از انقلابیون مقتدری نظیر آیت‌الله خلخالی برای ادامه کار دادگاه‌ها می‌بایست استفاده شود. سخنان وی درباره‌ی خاندان پهلوی و همدستان شاه مخلوع و حکم اعدام این تباهکاران مورد تأیید خلق بپاخاسته ایران است و نباید موجب نگرانی برخی از مسئولان اجرایی سیاست‌های دولت شود.» [22]
 
سازمان پیکار در حمایت از خلخالی و احکام وی در ارگان رسمی‌اش نوشت:
 
«یک بار دیگر شعله‌های خشم مقدس خلق در دادگاه‌های انقلاب تجلی یافت و جاسوسان و جنایتکاران دیگری را در کام خود فرو کشید. روبهکان و فرومایگانی که تا دیروز به چپاول و غارت و خیانت به توده‌های رنجدیده‌ی خلق ما مشغول بودند و با تبختری فرعونی فرمان می‌راندند، چه نفرت‌انگیز و تهوع‌آور در پیشگاه خلق به عجز و لابه در افتادند و برای ادامه‌ی زندگی ننگین خود به التماس و استغاثه دست یازیدند. و چه کوردل و احمقند اینان که می‌پندارند خلق، خون شهیدانش را و رنج و مشقت سالیان دراز دوران اختناق را به همین سادگی فراموش می‌کند و تسلیم تضرع و زاری این خائنین و جنایتکاران که دستشان تا مرفق به خون عزیزانش آغشته است، می‌شود. و چه کوردل‌تر و احمق‌ترند اربابان این سفلگان که در غرب و اسرائیل جنجال راه می‌اندازند و برای "حقوق بشر" اشک از دیدگان کثیف خود فرو می‌ریزند و برای "بشر"های زالو صفتی چون القانیان، اظهار تأثر و تأسف می‌کنند تا شاید که در اراده‌ی خلق دایر بر معدوم ساختن خائنین به خود، خللی ایجاد شود و مدافعین و عاملین برای آنان باز پس ماند، تا از منافع استثمارگرانه آن‌ها پاسداری کنند.» [23]
 
حزب توده کار را به جایی رساند که در ۹ مرداد ۱۳۵۸ با صدور اطلاعیه‌ای رسماً اعلام کرد که خلخالی از هرکجای ایران برای مجلس خبرگان قانون اساسی کاندیدا شود مورد حمایت آن‌ها خواهد بود. این در حالی بود که ماه بعد آذرنوش مهدویان یکی از اعضای حزب توده در زندان دیزل آباد کرمانشاه به حکم خلخالی مقابل جوخه‌ی اعدام قرار گرفت و به گفته‌ی علی ‌رازی‌زاده حاکم شرع کرمانشاه قبل از مرگ شعار «درود بر حزب توده» سر داد.
 
مجاهدین در مخالفت با اعتراض‌های بین‌المللی مبنی بر عدم رعایت حقوق متهمان که متوجه‌ی دادگاه‌های برگزار شده توسط خلخالی و گفتگوهای مطبوعاتی وی بود، نوشتند:
«دادگاه‌های انقلاب که با چند اعدام انقلابی کارش را شروع کرد، از تأیید و حمایت گسترده‌ترین اقشار خلق ما برخوردار بود. آن‌هم در شرایطی که همه امپریالیست‌ها و محافل ارتجاعی جهان یک ‌صدا زبان اعتراض علیه این دادگاه‌ها گشوده بودند. و ظاهراً به خاطر نقض آن‌چه که خود "حقوق قانونی متهمین" و یا "محاکمه عادلانه" می‌خواندند، اعدام‌‌های انقلابی این دادگاه‌ها را محکوم می‌نمودند.» [24]
 
حزب توده نیز در حمایت از روند کارهای دادگاه‌های انقلاب نوشت:
«... دشمنان داخلی و خارجی انقلاب امپریالیسم و صهیونیسم و ایادی‌ آن‌ها، موذیانه زیر عنوان "اجرای عدالت و دمکراسی" جریان کار دادگاه‌ها را تخطئه می‌کنند. آن‌ها پروسه قانونی دادگاه‌‌های دوران انقلاب را با دادگاه های عادی به عمد اشتباه می‌کنند و خواستار آنند که پروسه عادی پیگرد و بازجویی و محاکمه در مورد این خائنین و جنایتکاران انجام شود. در حالی که همانطور که یک بار امام خمینی گفت: در مورد جنایتکار شناخته‌ شده‌ای چون نصیری، رئیس ساواک، فقط اثبات هویت او کافی است.» [25]
 
و یا حزب توده در مقاله‌ی دیگری از «محکمه عدل اسلامی» دم زد و نوشت:
«اینک باید از پیشگاه خلق قهرمان ایران پرسید: آیا به "حقوق بشر "و "صلیب‌سرخ" و دیگر نازکدلان جهانی اجازه می‌دهید این جانیان و شهید کشان را از محکمه عدل اسلامی و از معرض حکم امام خمینی، که تبلور رحمت و قهر ملت است، نجات دهند.»[26]
 
این حزب حتی از به کارگیری آیات قرآن نیز خودداری نمی‌کرد:
«دادگاه‌های انقلابی یکی از مؤثرترین تحکیم‌کنندگان بنیاد انقلاب کبیر ما هستند. «و فی‌القصاص حیات یا اولوالابصار». دادگاه‌های انقلابی یکی از عالی‌ترین پایه‌ها و مؤثرترین تضمین‌کنندگان پیروزی نهایی انقلاب کبیر و همه خلقی ایران‌اند. چرخ‌های این دادگاه‌ها را خون پاک بیش از صدهزار نفر از ارزنده‌ترین فرزندان خلق‌های ایران، زنان، مردان، نوجوانان و حتی خردسالانی به گردش در می‌آورد، که در طول همین ی کسال اخیر به دست دژخیمان رژیم طاغوتی منحله به خاک ریخته شد تا بهار آزادی را در میهن‌ ما لاله باران کند. این چرخ‌ها باید آنقدر درگردش باشند تا هرگونه زمینه بازگشت دوران طاغوتی را، به هر شکل و صورت که درآید غیرممکن و ممتنع سازند.»
مجاهدین در آن دوران بدون در نظر گرفتن تبعات منفی و خطرناک گفتارها و تحلیل‌های‌شان، در حالی که یک رژیم قرون وسطایی مذهبی بر کشور حاکم بود، با یادآوری و تأیید رفتارهای منتسب به چهره‌های مقدس از جمله "پیامبر اسلام"، آن‌هم در عصری که بیدادگری بدوی‌گونه، تعصبات قومی و نژادی، جاهلیت و...غوغا می‌کرد، از موضعی غیرمتمدنانه به توجیه قتل‌عام از جنبه‌ی مذهبی پرداخته و آن را واجب و ضروری جلوه می‌دادند. مجاهدین در دفاع از "محصور نشدن در چارچوب احکام از پیش تعیین شده‌ی حقوق جزا" چنین استدلال می‌کردند:
«مثلاً بعد از آن که خیانت یهودیان اطراف مدینه هنگام محاصره‌ی شهر به وسیله‌ی مشرکان مکه در جنگ احزاب مسجل شد، و بعد از آن‌ که مسلمانان توانستند در برابر مهاجمین پایداری کنند و آن‌ها را بتارانند، پیغمبر متوجه‌ی این هم پیمانان خائن و میثاق شکن شد. و در یک یورش آنان را دستگیر و به‌ طوری که مشهور است هفتصد نفر از ایشان را در یک روز اعدام کرد. شاید این عمل خشن و قساوت بار به نظر برسد، چه بسا بسیاری از این افراد که اعدام شدند در این خیانت و پیمان‌شکنی سهم و نقش مستقیم نداشتند، اما آن‌جا که آینده‌ی یک مکتب، سرنوشت یک انقلاب و منافع یک خلق مطرح است، باید قاطعانه عمل کرد. و چشم بر این تردیدها بست. چون هرگونه مماشات با جریانی که در صورت توفیق انقلاب را نابود خواهد کرد، مار در آستین پروردن است.»[27]
 
مجاهدین بی‌محابا به دفاع از دادگاه‌های انقلاب برخاسته و مدعی بودند: 
«پس از قیام قهرمانانه خلق ما، دادگاه‌هایی به نام دادگاه انقلاب اسلامی تشکیل شد. این دادگاه ها به جرائم کسانی رسیدگی می‌کرد که به قول امام نه متهم، بلکه مجرم بودند. جرائم و جنایاتشان برای همه‌ی مردم روشن بود و آن‌ها از مدت‌ها پیش در پیشگاه خلق به جرم و جنایت‌های بسیار به مرگ محکوم شده بودند. بنابر این صرف محرز شدن هویت آنان برای به جوخه‌ی آتش سپردنشان کفایت می‌کرد. لازم بود به کیفر رساندن این جانیان با سرعت و قاطعیت تمام انجام گیرد، تا ضدانقلاب را، که هنوز امید خود را کاملاً از دست نداده بود، از خیره سری منصرف سازد و فرصت سربلند کردن به وی ندهد.» [28]
 
و سازمان چریک‌های فدایی خلق پیش از انشعاب، چنین داوری کرد:
«آغاز محاکمات ضدانقلابیون، به دستور امام خمینی و ادامه آن علی‌رغم زمزمه‌های سازشکارانه "عفو عمومی" بار دیگر قاطعیت امام را در پشتیبانی اصولی از خواست به حق مردم و گروه‌های مبارزی که خواستار مجازات مزدوران بودند، نشان داد. اعدام انقلابی جنایتکاران و سرسپردگان به امپریالیسم از تجدید سازمان این عناصر ضدمردمی جلوگیری کرده و عامل مهمی در راه تحکیم حفظ دستاوردهای انقلاب است.» [29]
سازمان انقلابی یکی از سازمان‌های تشکیل دهنده‌ی حزب رنجبران چنین نوشت:
«از دو هفته پیش سرکوب ضدانقلاب به طور وسیع و پیگیری آغاز گشته است. ...سازمان ما از این مواضع راستین و سرکوب ضدانقلاب به وسیله‌ی‌ دادگاه‌های انقلاب اسلامی پشتیبانی کامل نموده و محاکمه و نابودی کلیه خائنین به میهن و خلق و کلیه کسانی که دستشان به خون ملت آغشته است را قدمی در ادامه و تحکیم انقلاب می‌داند.» [30]
و سازمان پیکار در مخالفت با عفو عمومی نوشت:
«به دنبال ملاقات دولت با آیت‌الله خمینی، یک سری از هدف‌های دولت موقت که قبلاً تا حدی با مخالفت امام مواجه بود، صورت تحقق به خود گرفت. یکی از این هدف‌ها که دولت بازرگان همیشه برای رسیدن به آن تلاش کرده است، عفو عمومی برای نظامیان و نیروهای انتظامی (پلیس و ...) است.» [31]
 
«جمعیت دفاع از آزادی و حقوق بشر» که در سال ۱۳۵۶ تشکیل شده بود، هیچ اطلاعیه‌ای در محکومیت دادگاه‌های خلخالی و دادگاه‌های انقلاب صادر نکرد و از حقوق هیچ‌یک از متهمان دفاع نکرد. گویا حقوق بشر تنها مختص مخالفان نظام پهلوی بود.
چهره‌های صاحب نام این جمعیت عبارت بودند از :
 سید‌ابوالفضل موسوی‌زنجانی، مهدی بازرگان، حبیب‌الله پیمان، نورعلی تابنده، علی‌اصغر حاج سیدجوادی، خلیل‌الله رضایی، کاظم سامی، یدالله سحابی، کریم سنجابی، هاشم صباغیان، احمد صدرحاج سیدجوادی، عبدالكریم لاهیجی، اسدالله مبشری، سیداحمد مدنی، رحمت‌الله مقدم‌مراغه‌ای، محمد ملکی، ناصر میناچی، حسن نزیه، منوچهر هزارخانی، ابراهیم یونسی.
البته افراد فوق به جز حاج‌سید‌جوادی از اعدام‌ها دفاع نکردند و حاج‌ خلیل رضایی که ۴ فرزندش کشته شده بودند در دادگاه نصیری حاضر بود و شهادت داد اما نپذیرفت در پشت‌بام مدرسه علوی حاضر شود.
در همان حال در دفاع از اعدام‌های خلخالی، سیاوش کسرایی در شعری خطاب به خمینی نوشت:‌
«دارمت پیام
ای امام
که زبان خاکیانم و رسول رنج
بر توام درود بر توام سلام
آمدی
خوش آمدی پیش پای توست ای خجسته ای که خلق
می‌کند قیام
حق ما بگیر
داد ما برس
تیغ برکشیده را نکن به خیره در نیام
حالیا که می‌رود سمند دولتت، بران،
حالیا که تیغ دشنه تو می‌برد
بزن»
در همان ایام وقتی مهندس بازرگان که تا چند روز قبل رئیس «کمیته ایرانی دفاع از آزادی و حقوق بشر » بود، به شکلی بسیار خفیف از در مخالفت با آیین دادرسی جدید برآمده و خواهان ارجاع پرونده‌ها به دادگستری شد، علی‌اصغرحاج سیدجوادی که عضو «کمیته ایرانی دفاع از آزادی و حقوق بشر» نیز بود، در روزنامه اطلاعات نوشت: «لاتاخذكم رأفته فی دین‌الله، در اجرای احكام الهی دست‌خوش رأفت و عطوفت نشوید»
وی سپس بدوی گونه اظهار داشت:
«محیط انقلاب، باید با سرعت و شدت پاكیزه شود. یعنی همه‌ی دشمنان انقلاب، همه‌ی میكرب‌ها و سمومات مولد فساد و ظلم باید و بدون كم‌ترین درنگ نابود شوند... صاحبان قلوب رئوف و با گذشت هرگز نمی‌توانند قانون و ناموس انقلاب یك ملت ستمدیده را درك نمایند و بین بردباری و صبر برای روبه‌رو شدن با مشكلات و عجله و شتاب برای نابودی عناصر فاسد و خطرناك رژیم استبدادی فرق بگذارد... اگر شما بخواهید آن‌ها را به دست دستگاه عدالت زمان استبداد بسپارید،...»[32]
در آن ایام حقوقدانان وابسته به مجاهدین همچون محمدرضا خاکسار بختیاری که در آذر ۱۳۶۰ اعدام شد، محمود بنی‌نجاریان در ۱ فروردین ۱۳۶۲ اعدام شد، سنابرق زاهدی عضو شورای ملی مقاومت، نادر رفیع‌نژاد، بازجو و شکنجه‌گر مجاهدین در اشرف، علیرضا باباخانی محافظ مسعود رجوی و ... در بازجویی‌ها شرکت داشتند و به تشکیل پرونده‌ها کمک می‌کردند اما در تابستان ۵۸ همگی برکنار شدند.
 
خلیج اسلامی به جای خلیج فارس
خلخالی پس از استعفا از دادگاه انقلاب به یک سفر شش روزه به امارات رفت و پس از دیدار یک ساعته با شیخ زائد امیر امارات اظهار داشت: «از اکنون خلیج فارس، به عنوان خلیج اسلامی معروف خواهد بود.» وی همچنین در پایان ملاقات و گفتگو با شیخ راشد سعید آل‌مکتوم نایب رئیس کشور امارات متحده عربی تأکید کرد «ایران تمام نام‌گذاری‌های ساختگی را که امپریالیسم به خلیج نسبت می‌دهد رد می‌کند زیرا این خلیج در پی موفقیت انقلاب ایران تبدیل به یک «خلیج اسلامی» شده است. » [33]
 
ادامه جنایات در خوزستان و کردستان
خلخالی پس از بازگشت از امارات به فرمان مهدی هادوی[34] دادستان انقلاب اسلامی به خوزستان رفت و جوخه‌های اعدام را در این شهر برپا کرد. وی در این مورد می‌گوید:‌
 
«آقای هادوی سلمه‌الله تعالی دادستان اهواز را به دادستان کل خوزستان ارتقاء درجه داد که دست ما در سراسر خوزستان باز باشد، ما هم لد‌ی‌الورود محکمه را تشکیل دادیم و مشغول بررسی جرائم آن‌ها شدیم که در نتیجه آقای سرتیپ شمس تبریزی و معاون او آقای سرهنگ تابعی و چند نفر از ساواکی‌های خوزستان محاکمه و محکوم به اعدام شدند و حکم اعدام درباره آن‌ها به اجرا درآمد.» [35]
 
اعدام‌های خوزستان باعث شد که جامعه مدرسین حوزه‌ی علمیه قم علیه او اطلاعیه صادر کرده و اعلام کند که وی فاقد صلاحیت است. خلخالی در همین اثنا به دزفول رفت و حکم اعدام ۶ نفر را صادر کرد و دوباره به اهواز بازگشت.
در ۳۰ خرداد ۱۳۵۸ انتشار خبری از قول خلخالی مبنی بر مجازات خائنین و تجزیه‌طلبان از جمله شبیر خاقانی رهبر مذهبی اعراب خوزستان به خشم مردم دامن زد. راهپیمایی‌ اعتراض آمیز در خرمشهر در سایه‌ی این خشم منجر به حمله‌ی به مراکز دولتی و به آتش‌کشیدن آن‌ها شد.  دهها عرب از جمله بزرگان و شیوخ قبائل، ریش سفیدان شهرها، پس از محاکمه‌های صحرایی معمول خلخالی که تنها چند دقیقه طول می کشید، اعدام شدند.
خلخالی پس از شروع جنگ نیز دوباره به خوزستان سفر کرد و در حالی که نماینده مجلس بود مبادرت به صدور احکام اعدام در مورد وابستگان «خلق عرب» کرد. 
 
جامعه مدرسین مصر بود که خمینی حکم برکناری خلخالی از حاکم شرعی را بدهد که با مخالفت او روبرو شد و به جای آن خمینی با صدور اطلاعیه‌ای خلخالی را مأمور سرکوب کردستان کرد. این مأموریت در پی سخنرانی شدید‌اللحن خمینی صورت گرفت. او در این سخنرانی به برپایی چوبه‌های اعدام در میادین اشاره کرد:‌

«اگر ما از اول که رژیم فاسد را شکستیم و این سد بسیار فاسد را خراب کردیم، به طور انقلابی عمل کرده بودیم، قلم تمام مطبوعات را شکسته بودیم و تمام مجلات فاسد و مطبوعات فاسد را تعطیل کرده بودیم، و رؤسای آنها را به محاکمه کشیده بودیم و حزبهای فاسد را ممنوع اعلام کرده بودیم، و رؤسای آنها را به سزای خودشان رسانده بودیم، و چوبه‌های دار را در میدانهای بزرگ برپا کرده بودیم و مفسدین و فاسدین را درو کرده بودیم، این زحمتها پیش نمی‌آمد. من از پیشگاه خدای متعال و از پیشگاه ملت عزیز، عذر می‌خواهم، خطای خودمان را عذر می‌خواهم. ما مردم انقلابی نبودیم، دولت ما انقلابی نیست، ارتش ما انقلابی نیست، ژاندارمری ما انقلابی نیست، شهربانی ما انقلابی نیست، پاسداران ما هم انقلابی نیستند؛ من هم انقلابی نیستم. اگر ما انقلابی بودیم، اجازه نمی‌دادیم اینها اظهار وجود کنند. تمام احزاب را ممنوع اعلام می‌کردیم. تمام جبهه‌ها را ممنوع اعلام می‌کردیم. یک حزب، و آن «حزب الله»، حزب مستضعفین.
و من توبه می‌کنم از این اشتباهی که کردم، و من اعلام می‌کنم به این قشرهای فاسد در سرتاسر ایران که اگر سرجای خودشان ننشینند، ما به طور انقلابی با آنها عمل می‌کنیم. مولای ما، امیرالمؤمنین - سلام الله علیه - آن مرد نمونه عالَم، آن انسان به تمام معنا انسان، آنکه در عبادت آنطور بود و در زهد و تقوا آنطور و در رَحم و مروت آنطور و با مستضعفین آنطور بود، با مستکبرین و با کسانی که توطئه می‌کنند شمشیر را [می‌کشید و] می‌کشت. هفتصد نفر را در یک روز - چنانچه نقل می‌کنند - از یهود بنی قُرَیْضَه - که نظیر اسرائیل بود و اینها از نسل آنها شاید باشند - از دم شمشیر گذراند! أَشِدَّاءُ عَلَی الکُفَّارِ رُحَمَاءُ بَیْنَهُمْ این توطئه گرها در صف کفار واقع هستند. این توطئه گرها در کردستان و غیر  آن در صف کفار هستند، با آنها باید با شدت رفتار کرد. دولت با شدت رفتار کند، ژاندارمری با شدت رفتار کند؛ ارتش با شدت رفتار کند. اگر با شدت رفتار نکنند، ما با آنها با شدت رفتار می‌کنیم. ما با خود همینها، با خود همینها که مسامحه بکنند، اگر مسامحه بکنند، با شدت رفتار می‌کنیم. مسامحه حدودی دارد، جلب وجاهت حدودی دارد. مصالح مسلمین را نمی‌گذارند به این امور از بین برود. دادستان انقلاب موظف است مجلاتی که بر ضد مسیر ملت است و توطئه‌گر است تمام را توقیف کند، و نویسندگان آنها را دعوت کند به دادگاه و محاکمه کند. موظف است کسانی که توطئه می‌کنند و اسم «حزب» روی خودشان می‌گذارند، رؤسای آنها را بخواهد و آنها را محاکمه کند. ما باز تا چندی مهلت می‌دهیم به این قشرهای فاسد؛ و این اعلام آخر است و اگر چنانچه در کار خودشان تعدیل نکنند و به ملت برنگردند و دست از توطئه‌ها برندارند، خدا می‌داند انقلابی عمل می‌کنم. می‌آیم تهران و رؤسایی که مسامحه می‌کنند با آنها انقلابی عمل می‌کنم. قشرهایی از ارتش که اطاعت از بالاترها نمی‌کنند و امر آنها را اطاعت نمی‌کنند باید بدانند که من با آنها اگر آمدم، انقلابی عمل می‌کنم. عذرها را کنار بگذارید! بروید فاسدها را سرکوب کنید، بروید توطئه‌گرها را سرکوبی کنید؛ مسامحه نکنید! دولت مسامحه نکند، ارتش مسامحه نکند، ژاندارمری مسامحه نکند؛ پاسداران مسامحه نکنند.» [36]
 
در پی این فرمان، خلخالی که مورد تأیید گروه‌های چپ و مجاهدین قرار گرفته بود، روانه‌ی کردستان شد و این بار تیغ دادگاه‌های انقلاب بر گردن همان‌هایی فرود آمد که پیش‌تر از وی حمایت می‌کردند. خلخالی در مصاحبه‌ای با خبرنگار روزنامه اطلاعات اظهار داشت: «من به تمام مناطق کردستان سر خواهم زد و تا چند روز دیگر، برای تعیین تکلیف ضد‌انقلابیون، به سنندج خواهم رفت.... تمام کسانی که در این توطئه خونین دست داشته‌اند را دستگیر و به سزای اعمال‌شان خواهم رساند.»[37]
 
او برای ایجاد فضای رعب و وحشت، در بامداد روز ۲۸ مرداد ۵۸ در مرحله اول ۱۲ نفر به اسامی عبدالله نوری، هوشنگ عزیزی، محمد عزیزی، یدالله محمدی، حسین شیبانی، هرمز گرجی بیاتی (دبیر دبیرستان) ، مظفر فتاحی، بهمن عزتی (دبیر دبیرستان)، محمد محمودی، اصغر بهنودی، آذرنوش مهدویان و دکتر قاسم رشوند سرداری (پزشک) را به اتهام شرکت در اغتشاشات پاوه و درگیری‌های این شهر اعدام می‌کند.
خلخالی به خاطر توجیه جنایتی که مرتکب شده بود دروغ‌های زیر را متوجه‌ی دکتر ابوالقاسم رشوند سرداری کرد.
«دستش به خون پاسداران آلوده بود و در همان‌جا دستور بریدن سر پاسداران را داده بود»، «دستور مثله کردن پاسداران بستری در بیمارستان را داده بود.»، «او دستور داده بود، آلت تناسلی بعضی پاسدار‌ان را ببرند و در دهان آنان فرو کنند.»، «هنگام دستگیری در لباس کردی ، مسلحانه در سنگر بوده.» [38]
 
خلخالی همچنین با لودگی خاص خودش مدعی شد «دکتر رشوند، ساکن قلهک تهران بود که برای رهبری عملیات‌های مسلحانه به پاوه آمده بود و این شخص در محاکماتش گفت برای کوهنوردی از تهران به پاوه آمده‌ام.»
اعدام دکتر رشوند سرداری موجب اعتصاب پزشکان و پرستاران بیمارستان لقمان‌الدوله ادهم شد. آن‌ها اعلام داشتند که وی در دوران انقلاب به همراهی گروه امداد آیت‌الله طالقانی به نهاوند رفته بود و در نوروز ۱۳۵۸ نیز به یاری زخمی‌ها و مجروحان سنندج شتافته بود. فرشته نورافشار، دانشجوی سال آخر پزشکی و نامزد وی که در اجتماع گروهی از پزشکان تهران جلوی وزارت بهداری حضور داشت گفت:‌ «دکتر رشوند روز یک‌شنبه به پاوه رسید و روز سه شنبه اعدام شد. در حالی که کشتن و سربریدن پاسداران دو سه روز قبل از رفتن رشوند به کردستان صورت گرفته است و بلیطی که این موضوع را ثابت کند نیز موجود است.» [39]
 
«این مسئله که گرجی‌بیانی و نیز آذرنوش مهدویان در پاوه دستگیر شده‌اند هرگز اثبات نشد. همچنین این شایعه که از منزل شخصی گرجی‌بیانی مقادیر زیادی مهمات به دست آمده هم هرگز اثبات نگردید. اما حاکم شرع کرمانشاه، علی رازی‌زاده گفته ‌بود: «حرف‌های او از گلوله هم بدتر بود.» رازی‌زاده همچنین چندی بعد در تهدید معلمان دیگر گفته بود: «مسئولان آموزش و پرورش کرمانشاه وظیفه دارند که آموزگاران و دبیرانی را که علیه مصالح اسلامی صحبت می‌کنند، با ارائه‌ی دلایل روشن به ما معرفی کنند که در امور آنها تصمیم‌گیری شود.»  با وجود ارتباط گرجی‌بیانی با سازمان چریک‌های فدایی خلق، رادیو و روزنامه کیهان از گرجی‌بیانی و ۱۰ معلم دیگر به عنوان «یازده نفر از مهاجمین و سران  حزب دموکرات کردستان» نام برد و حاکم شرع کرمانشاه نیز او را «عضو حزب توده» معرفی کرده‌ بود.» [40]
 
در مرحله دوم در روز ۲۹ مرداد ۵۸ خلخالی هفت نفر دیگر را به پای جوخه اعدام می‌فرستد.
روز سوم شهریور ۵۸ در مریوان ۹ نفر از دستگیر شدگان به نام‌های امین مصطفی سلطانی، حسین مصطفی سلطانی، جلال نسیمی، حسین پیرخضرانیان، احمد پیرخضرانیان، دکتر بهمن احضری، فائق عزیزی، احمد قادرزاده و علی دادستانی، در یک دادگاه فرمایشی توسط خلخالی اعدام می‌شوند و جنازه‌هایشان توسط کامیون کمپرسی حمل و جلوی بیمارستان مریوان تخلیه می‌شود. 
خلخالی به پدر امین و حسین مصطفی سلطانی گفته بود برای آزادی فرزندانش سند بیاورد، روز بعد که او مراجعه می‌کند با جنازه‌ی آن‌ها روبرو می‌شود. تمام این اعدام‌ها در ماه رمضان انجام گرفت.
روز ۵ شهریور خلخالی به سنندج عزیمت کرد. در همین حال ۱۱ نفر از اهالی شهر سنندج را که بطرق مختلف و در مکان‌های مجزا دستگیر کرده بودند روانه فرودگاه سنندج میکنند و خلخالی در دادگاههای ۵ دقیقه ای آنها را به اعدام محکوم و حکم را اجرا میکنند.
احسن ناهید، شهریار ناهید، جمیل یخچالی، مظفر رحیمی، عطا زندی، امجد مبصری، عیسی پیرولی، ناصر نسیمی، مظفر نیازمند، یداله فولادی و سیروس منوچهری. دو نفر از افراد اعدام شده زخمی بودند که یکی از آنها را بر روی برانکار به محل اجرای کشتار منتقل می‌کنند.
 
خلخالی سپس از سنندج به سقز سفر کرد و در آنجا نیز جنایت دیگری خلق کرد. ۱۰ نفر از جوانان شهر و ۱۰ نفر از نظامیانی که در محل خدمت نبودند (مجموعا ۲۰ نفر) را یک روز بعد از اعدام‌های سنندج یعنی در روز ششم شهریور ۵۸ تیرباران می‌کند.
ستوان دوم احمدسعیدی، ستوان دوم قادربهادری، ستوان دوم طاهرخطیبی، گروهبان یکم محمدپیامبری، گروهبان سوم ناصرحدادی، گروهبان یکم رسول امینی، گروهبان سوم محمدغفاری، گروهبان سوم ناجی خورشیدی، استواردوم کریم رضایی، انور اردلان، سیف الله فیضی ( ۱۵ ساله) ، آذرگشسب دارایی (۱۲ساله) علی فخرایی، عبدالله بهرامی، سیدحسن احدی، محمددرویش نقره‌ای، کریم شیرانی، ابوبکر صمدی، احمدمقدم ، جلیل جمال زاده.
پس از آن‌که نیروهای دولتی در روز ۱۲ شهریور متعاقب سه هفته محاصره مهاباد، وارد این شهر شدند، ساکنان آن تلگرافی به خمینی فرستاده و از وی تمنا کردند که مهاباد از محاکمات شتابزده و اعدام‎ها در امان بماند. اما در روز ۱۵ شهریور گزارش رسید که خلخالی فرمان اعدام  ۸۰ کرد را صادر نموده و علیرغم فرامین صادره از تهران برای بازگشت وی به پایتخت، در تدارک سفر به مهاباد می‎باشد. وی در روز جمعه، ۱۶ شهریور وارد مهاباد شد.
در روز ۷ مهر گزارش رسید که وی فرمان اعدام شتابزده چهار مرد دیگر را در مهاباد صادر نموده است. سه تن از آنان به «تماس با ضد انقلاب» و نفر چهارم به «تخلفات اخلاقی» محکوم شده بودند.
 
خلخالی برای توجیه جنایاتش از هیچ‌ دروغگویی پروا نمی‌کرد. وی عکس‌های منتشر شده از اعدام‌های سنندج را که جهانگیر رزمی عکاس آن برنده جایزه پولیتزر شد، مونتاژ شده معرفی کرد و گفت:
 
«عکسی که در روزنامه‌های آمریکایی و اروپایی منتشر شده است مونتاژ‌ است و به هیچ وجه صحت ندارد و من از همان مجله «پاری‌ماچ» و گروه‌های دیگر خبری جهان دعوت می‌‌کنم که به ایران بیایند و در سنندج و همان روستای «والی‌خان» که ما رفته بودیم تحقیق و بررسی نمایند تا معلوم شود که همه این‌ها مونتاژ ‌صهیونیزم بین‌المللی است. اکثر رسانه‌های گروهی اروپای غربی و آمریکا در دست عوامل صهیونیزم و امپریالیزم می‌باشد.» [41]
 
وی در مصاحبه‌ مطبوعاتی‌اش در سال ۵۸ که در کتاب «ایام انزوا» آمده نیز دروغ‌های عجیبی را مطرح کرد. او در مورد تعداد تلفات انقلاب گفت: «ملتی که با دست خالی مبارزه کرد و به گفته‌ای ۱۶۰ هزار تا ۲۰۰ هزار و شاید ۲۵۰ هزار نفر کشته داد.» و یا در ادامه مدعی شد «حتی مادران ما که سقط جنین کردند، مانند ۱۴ زنی که در قزوین سقط جنین کردند.» او همچنین ادعا کرد اگر اقدام خمینی نبود نیروهای دولتی قصد داشتند در روز ۲۲ بهمن ۱۰۰ هزار نفر را در تهران به خاک و خون بکشانند.
جنایات خلخالی در کردستان و محاکماتش منحصر به نیروهای معارض نبود. او قصد اعدام حاج ملاکریم شریکندی یکی از روحانیون اهل سنت را داشت که چندی بعد توسط گروه‌های کرد به قتل رسید. صادق زیبا کلام می‌گوید: «خلخالی در بدو ورود و در انظار دیگران مرحوم شهریکندی را مورد شماتت قرار داده و اظهار می‌دارند که  «آمده‌ام تا حقت را کف دستت بگذارم تا ببینی با ضدانقلاب و دموکرات‌ها همکاری کردن یعنی چه. برو دعا کن که فقط به خلع لباس کردن و اخراجت از کردستان رای دهم.»
وی همچنین در صدد مجازات سروان غلامحسین یارجانی رئیس شهربانی مهاباد بود که چندی بعد در کمین نیروهای کرد کشته شد. صادق زیبا کلام می‌گوید: «خلخالی او را نیز به همکاری با دموکرات‌ها و ضد انقلاب متهم نمود و با عجله اظهار داشت که قبل از محاکمه‌ات ستاره‌هایت را خودم یکی، یکی می‌کنم.»
 
زیبا کلام خود نیز توسط خلخالی محاکمه شد و چیزی نمانده بود اعدام شود. وی در این رابطه می‌گوید:‌
«تعجیل خلخالی سبب شد تا دو شاهد قبلی سر و کارشان به دادگاه نیفتد اما شاهد سومم در کمال بهت و ناباوری‌اش کارش به محاکمه کشید. آن روز بعدازظهر در دفتر سرهنگ آذری فرمانده پادگان مهاباد و در حضور افسران و مسوولان سپاه مهاباد، من به عملکرد آقای خلخالی به خصوص اتهاماتش به مرحومان شهریکندی و یارجایی اعتراض کردم و گفتم شما اساسا قرار نبوده که دیگر به کردستان بیایید. آقای خلخالی گفتند من نیام تا یک مشت... جاسوس، مزدور و منافق از پشت به انقلاب خنجر بزنند و منطقه را به امریکا تحویل دهند. گفتم چه کسی گفته که من برای دموکرات‌ها جاسوسی می‌کنم؟ فرمودند چه کسی نگفته؟ حاج آقا حسنی (حجت‌الاسلام غلامرضا حسنی امام جمعه ارومیه)، سرهنگ ظهیرنژاد (مرحوم سرلشکر ظهیرنژاد که در آن موقع فرمانده لشکر ۶۴ ارومیه بودند)، سرگرد طالقانی (مسوول ضد اطلاعات لشکر ۶۴ ارومیه)، بچه‌های سپاه، همه بی‌خود می‌گویند و فقط تو درست می‌گویی؟ اینها چه دشمنی با تو دارند؟ مگر من قبلاً چند بار به تو نگفته بودم که دیگر حق نداری به کردستان بروی (ایشان قبلا گفته بودند که حق ندارم دیگر به کردستان بروم). گفتم حکم من از طرف مهندس بازرگان رییس دولت موقت است. ایشان گفتند جرم آن امریکایی‌ها از تو خیلی سنگین‌تر است.
قبل از آن‌که کلام دیگری بگویم آقای خلخالی گفتند که پرونده این را بیاورید. من هنوز فکر می‌کردم که آقای خلخالی عصبانی است و حالا دارد یک چیزی می‌گوید، اما زمانی که چند لحظه بعدش یکی از همراهان آن مرحوم که صورت خود را با چفیه بسته بود پرونده نارنجی رنگی را آورده و به دست آقای خلخالی داد، عرق سردی در بدنم جاری شد و زانوانم بی‌اختیار به لرزش درآمدند. .... مزه تلخی در دهانم ترشح شده بود و احساس می‌کردم نمی‌توانم حرف بزنم. خواستم بنشینم اما می‌ترسیدم، به زحمت می‌توانستم بایستم. چند لحظه پس از آن افسر بی‌سیم وارد اطاق شد و به سرعت به سمت آقای خلخالی رفته و چیزی در گوش وی گفت و هنوز خم شده بود که خلخالی شتابان از جای برخاسته و از اطاق خارج شد. لحظه‌ای بعد دو هلی‌کوپتر حامل خلخالی و همراهان به هوا برخاستند و در افق گم شدند.» [42]
 
مأموریت در ارتش از سوی خامنه‌ای
خامنه‌ای در دوم بهمن ۱۳۵۸ در نامه‌ای خطاب به خلخالی که به بیرحمی معروف بود می‌‌نویسد:‌
«تیمسار شادمهر ریاست ستاد مشترک طبق لایحه‌ی قانونی تشکیل دادگاه‌های انقلاب در ارتش به تشکیل و فعال‌ کردن این دادگاه‌ها اقدام نموده‌اند. خواهشمند است در صورت اقتضا نسبت به تصدی قضاوت شرعی بعضی از این محاکم قبول مسئولیت بفرمایند. » [43]
خلخالی در روز ۱۷ بهمن‌ماه ۱۳۵۸ با صدور اطلاعیه‌ای ۱۴۵ نفر را از ارتش اخراج کرد. در اطلاعیه‌ی مذکور ضمن اعلام اسامی افسران اخراجی آمده بود:
«چون طبق دلایل و مدارک کافی، افراد ذکر شده ضد انقلاب تشخیص داده شد و فعالیت ضد‌انقلابی در نیروی هوایی و در سایر رده‌های ارتش داشته‌اند، بدین وسیله از نیروی هوایی جمهوری اسلامی اخراج و ممنوع‌الخروج می‌باشند که به پرونده اختلاس آن‌ها رسیدگی شود.» [44]
او سپس در مصاحبه با روزنامه اطلاعات گفت:
«من از سرلشکر شادمهر و سایر افسران عالی‌رتبه که این مدارک را در اختیار ما گذاشتند تشکر می‌کنم و تصفیه دامنه‌داری که در ارتش و ضد اطلاعات به این ترتیب انجام شود مایه خوشوقتی و دلگرمی مردم مسلمان ایران است.» [45]
چند روز بعد تیمسار محمدهادی شادمهر در یک مصاحبه رادیو تلویزیونی در مورد پاکسازی این عده گفت:‌
«چون در دادگاه انقلاب اسلامی نظامی باید علاوه بر حاکم شرع قضات ارتش و دادگستری نیز حضور داشته باشند و چون دو قاضی از سوی این دو مرجع در دادگاه شرکت‌نداشته‌اند رای صادره قابل اجراء نیست. طبق تصویب شورای انقلاب وظیفه پاکسازی در ارتش به عهده کمیسیون ۵ نفری وزارت دفاع ملی محول شده که این کمیسیون ۲۵۰۰ نفر را در نیروهای سه گانه به علل مختلف مشمول پاکسازی قرار داده و به این ترتیب موضوع تصفیه در ارتش خاتمه یافته است» [46]
خلخالی روز بعد در گفتگو با روزنامه اطلاعات گفت:
«اینجانب در جواب آقای سرلشگر شادمهر رئیس ستاد مشترک باید بگویم که دخالت قوه مجریه در کار قوه قضاییه تا به حال برای این کشور بزرگترین فاجعه را داشته است و باز‌خواهد داشت .... اخراج امرای خائن نیروی هوایی در کمال دقت و بصیرت صورت گرفته و هرگونه دفاع از آن‌ها مسلم است که تصفیه در ارتش را راکد گذاشته و اطمینان مردم را نسبت به تصفیه در ارتش سلب می‌نماید. ما چون دخالت در کار قوه مجریه نداریم، بنابر این از مقامات مسئول می‌خواهیم که قانون‌شکنی را در طلیعه سالگرد جمهوری اسلام پیشه خود نسازند و در کار قوه قضاییه و حکومت شرعیه دخالت بی‌جا ننمایند.» [47]
 
خلخالی حتی آنقدر درک و شعور نداشت که تشخیص دهد ارتش جزو قوه مجریه نیست.
 
مأموریت کشتار در  ترکمن‌صحرا
 
خلخالی هنوز از افتضاحاتی که در ارتش به وجودآورده بود فارغ نشده بود که مأمور سلاخی در ترکمن‌صحرا شد. پاسداران نظام اسلامی در ۱۸ بهمن سال ۱۳۵۸ چهار تن از رهبران خلق ترکمن به نام‌های توماج، مختوم، واحدی و جرجانی را در ایست بازرسی در حضور ۵ تن از همکاران‌شان دستگیر کردند. واکنش مردم و نیروهای سیاسی به دستگیری رهبران ترکمن منجر به حوادث خونین گنبد شد.
خلخالی با وجود پرونده‌‌ی قطوری که از جنایت و خونریزی و بی‌قانونی داشت، به فرمان خمینی و تنفیذ آیت‌الله منتظری در تاریخ ۲۱ بهمن ۱۳۵۸عازم گنبد شد و جنایات زیادی را در ترکمن‌صحرا رقم زد.
 
در پیام آیت‌الله منتظری خطاب به خلخالی آمده بود:‌
«برحسب تصویب شورای مرکزی سپاه پاسداران و درخواست عده‌ای از اهالی محترم گنبد قابوس مقتضی بلکه لازم است جنابعالی که قاضی شرع می‌باشید برای سامان دادن اوضاع آن شهرستان بدان‌جا عزیمت فرمایید و آن‌چه به مصلحت اسلام و مسلمین است با رعایت جانب احتیاط انجام دهید. » [48]
 
رهبران ترکمن که در اسارت سپاه پاسداران بودند در روز ۲۹ بهمن ۱۳۵۸ به جوخه اعدام سپرده شدند و جسدشان در ۱۲۵کیلومتری جاده بجنورد رها شد و کسی مسئولیت آن را به عهده نگرفت.
پس از پیدا شدن جنازه‌‌ این چهار تن، انگشت اتهام متوجه‌ی خلخالی و سپاه پاسداران  انقلاب اسلامی شد. در تاریخ ۶ اسفند ۱۳۵۸ شیخ صادق خلخالی با صدور اطلاعیه‌ای ضمن تکذیب صدور فرمان قتل ۴ رهبر ترکمن به صراحت اعلام داشت چنانچه کسی خطی از وی در این رابطه نشان دهد، خودم را به اعدام محکوم می‌کنم:‌
 
اطلاعیه‌ی توضیحی خلخالی درباره کشته شدن رؤسای ستاد خلق ترکمن
 
«... ملت مسلمان ایران می‌داند که هر روز از طرف امپریالیسم بین‌المللی و صهیونیسم جهانخوار و سردمداران تباهی و فساد توطئه تازه‌ای با یک قیافه‌ غلط‌انداز برای اسلام و جمهوری اسلامی نه تنها در ایران بلکه در منطقه خاورمیانه تدارک دیده می‌شود. آن‌‌ها با شکست مفتضحانه که از اسلام و مسلمین و حرکت قاطع ملت ایران در ۲۲ بهمن ۱۳۵۷ خوردند، طعم تلخ آنرا در کام زهرآگین خود به این زودی‌ها فراموش نخواند کرد. این حرکت توفنده جهانخواران را از خطه خاورمیانه و از مرزهای ایران به رهبری امام خمینی کبیر به دور انداخت و آن‌ها را به سرگیجه و سرسام مبتلا کرد که ناچار به فکر تلافی مافات می‌باشند که قرن‌ها نخواهند توانست آن را جبران نمایند.
دشنه‌ی پرخون آن‌ها به نوکرصفتان یک رو زدر کردستان و روز دیگر در خوزستان و برای آخرین بار در گنبد مشاهده می‌شود. .... من برای چندین بار اعلام می‌‌کنم که در گنبد و دشت ترکمن حتی برای نمونه یک نفر از فدائیان خلق و شورشیان را نه بازجویی کرده‌ام و نه محاکمه نموده‌ام تا چه رسد به اعدام و خود آقای علی فرخنده جهرمی نماینده اعزامی فدائیان خلق از تهران که برای مذاکره با من به آن‌جا آمده بود شاهد می‌باشد و آقای عباس افشار تکلو مدیر دفتر حزب توده که حرکت آن‌ها را محکوم کرده و در آن‌جا بازداشت بود و با دست من آزاد شد می‌داند و رهبران مربوطه و مقامات مسئول و سپاه پاسداران و استاندار و فرماندار همه شاهد ماجرا هستند. ولی پس از این که از منطقه خارج شدم با کمال تعجب شنیدم که چند جسد در میان راه پیدا شده.
 
پیش خود گفتم شاید به دست سپاه پاسداران و فدائیان خلق در حین زد و خورد در سنگر زخمی و یا کشته شده باشند که با دست فدائیان خلق از معرکه خارج شده‌اند که پس از شکست کامل آن‌ها جنازه‌ها را رها کرده و فرار نموده‌اند.
همه ما در این کشور باید زندگی کنیم و بمیریم و یا کشته شویم ولی نباید اسیر توطئه‌‌های خائنانه باشیم. امیدوارم علت همه قضایا را مقامات مسئول پس از تحقیق و بررسی برای افکار عمومی روشن نمایند تا بهانه خون‌ریزی تازه‌ای به دست دشمنان این ملت ندهند.
این‌جانب باز اعلام می‌کنم که چهار نفر از کشته‌شدگان که می‌گویند از رؤسای ستاد خلق ترکمن بوده‌اند، هیچگونه ربطی به من ندارد اگر کسی در این باره خطی از من نشان بدهد که با دستور من این‌ها اعدام شده‌اند من از حالا خودم را به اعدام محکوم می‌کنم. آقای رئیس جمهور ابوالحسن بنی‌صدر در جریان کار هستند ما اگر بخواهیم به این مملکت خیانت کنیم در واقع به خودمان خیانت کرده‌ایم. ما همان جوری که دست‌های خیانت‌کار را قطع می‌کنیم کسانی‌که نظم و انضباط و دستورات مقامات بالاتر را مراعات نمی‌کنند قطع می‌کنیم و کشته شدن این افراد را به دست هرکی باشد جداً محکوم می‌نمایم. »[49]
 
خلخالی روز بعد دوباره اظهار داشت:‌
«اینجانب کراراً چه در گنبد و چه در تهران اعلام کرده‌ام که عامل ترورهای وحشیانه در هر کجا که صورت گرفته باید محاکمه شود. ... من نه از کسی بازجویی کرده‌ام و نه کسی را محاکمه نموده‌ام و نه دستور اعدام کسی را داده‌ام. هرکسی سند، مدرک و نوشته‌ای در این زمینه داشته باشید می‌تواند ارائه کند.» [50]
 
کسی که فرهنگ منحط اسلامی و شیعی را نشناسد، پیش خود فکر می‌کند لابد وقتی خلخالی این‌گونه قاطعانه نقش خود در این کشتار را نفی می‌کند و حتی حکم اعدام خود را در صورت ثبوت جرم صادر می‌کند راست می‌گوید. اما آن‌ها نمی‌دانند او از اصل اسلامی «توریه»‌ که دروغگویی شرعی است استفاده می‌کند.
توریه بیان سخنی‌است که معنای آن به ظاهر درست است؛ اما آن‌چه مخاطب از آن درک می‌کند نادرست و دروغ است؛ یعنی جمله صادق بیان می‌شود که موجب می‌گردد، شنونده از آن جمله مفهوم گمراه‌کننده و فریبنده موردنظر گوینده را دنبال کند.
خلخالی راست می‌گوید، او فرمان قتل را به صورت مکتوب نداده است بلکه به صورت شفاهی آن را صادر کرده است. به همین دلیل کسی نمی‌تواند ‌خطی از او نشان دهد که لزومی به صدور حکم اعدامش پیش بیاید. به همین سادگی «آیت‌الله»ها دروغ می‌گویند.
 
محسن رفیق‌دوست اولین وزیر سپاه پاسداران و از فرماندهان اولیه سپاه پاسداران هنگامی که خرشان از پل گذشت و قادر به تحکیم پایه‌های حکومت‌شان شدند در خاطراتش در مورد چگونگی به قتل رسیدن رهبران ترکمن با افتخار می‌نویسد:‌
«اولین سالگرد انقلاب ‌۲۲ بهمن ۱۳۵۸، در شمال میدان آزادی، خیابان محمدعلی جناح جایگاهی درست کرده بودند. تانک‌ها می‌خواستند از جلوی جایگاه رژه بروند. عرفات روی جایگاه ایستاده بود. مردم آن‌قدر به عرفات علاقه داشتند که وقتی او را دیدند، به سمت جایگاه هجوم بردند. یک قسمت از جایگاه ریخت و چهار نفر شهید شدند. من و برادر منصوری، فرمانده وقت سپاه، روی جایگاه بودیم، آقای خلخالی هم آن‌جا بود، آن روز‌ها ضدانقلاب در ترکمن‌صحرا شورش کرده بودند. بچه‌های سپاه با آن‌ها درگیر شده و سرانشان را گرفتند. من از خلخالی پرسیدم: «با سران خلق ترکمن چه کنیم؟» چهار نفر را اسم بردم. گفت: «این‌ها را همین الان اعدام کنید.» گفتم: «حکم اعدام است؟» گفت: «بله» من هم زنگ زدم پادگان ولی‌عصر عج و آن‌ها را اعدام کردند.» [51]
او در اسفند ۱۳۵۸ در پاسخ به اعلامیه چریک‌های فدایی خلق ادعا کرده بود:‌
«اینجانب از ابتدای تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی مسئول تدارکات سپاه بوده و هیچ‌گاه معاون سپاه نبوده و در هیچ کار غیرتدارکاتی دخالت نداشته‌ام. » [52]  
او نیز دروغ نمی‌گفت، انتقال فرمان قتل رهبران ترکمن در زمره‌ی کارهای «تدارکاتی» محسوب می‌شود.
 
سخنگوی سپاه پاسداران به دنبال قتل رهبران ترکمن گفت:‌
«این موضوع تحت رسیدگی است. چنانچه در این مورد خطایی صورت گرفته باشد بدون هیچ‌گونه پرده‌پوشی مسائل عنوان خواهد شد و اگر در ترور چهار تن از رهبران خلق ترکمن افرادی از سپاه پاسداران دخالت داشته باشند بلافاصله دستگیر و تحویل دادستانی انقلاب خواهند شد. یک گروه سه نفری این مسئله را تعقیب می‌کنند و پس از بررسی چنانچه افرادی مسئول شناخته شوند محاکمه و مجازات خواهند شد.» [53]
 
سپس روابط عمومی سپاه پاسداران که توسط یوسف فروتن[54] هدایت می‌شد و از همان ابتدا ید‌ طولایی در داستانسرایی و دروغپردازی و حقه‌بازی داشت طی اطلاعیه‌ی رسمی ادعا کرد:‌
 
«این ۴ نفر در جریان درگیری‌های گنبد در تاریخ ۱۹ بهمن ۱۳۵۸ دستگیر شده و از همانجا به تهران فرستاده شده بودند. و در تاریخ ۲۸ بهمن ۱۳۵۸جهت تحقیقات بیشتر مجدداً به منطقه اعزام گردیدند. در بین راه در فاصله بین علی آباد کتول و گنبد اتومبیل حامل بازداشت شدگان مورد هجوم تعدادی مسلح قرار می‌گیرد که در این درگیری دو نفز از پاسداران مجروج گردیده و مهاجمین موفق شدند اتومبیل حامل ۴ نفر سرنشین بازداشتی را به گروگان گرفته و فراری شوند که بعد از چند روز دیگر جنازه این چهار نفر در راه بجنورد کشف می‌گردد. گروه تحقیقاتی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی برای شناسایی مهاجمین تا رسیدن به نتیجه قطعی تحقیقاتش را ادامه می‌دهد و سپس نتیجه نهایی را به اطلاع عموم خوهد رساند. » [55]  
 
جواد منصوری و محسن رفیق‌دوست بالاترین فرماندهان سپاه پاسداران دستور این قتل را با حکم خلخالی داده بودند و دم از تحقیق و بررسی و مجازات مسببین و مجروح شدن پاسداران و ... می‌زدند.
ابوالحسن بنی‌صدر نیز که به تازگی به ریاست جمهوری رسیده بود علیرغم وجود دلایل و شواهد گوناگونان منکر مسئولیت سپاه پاسداران و خلخالی شد تلویحاً چریک‌های فدایی خلق را مسئول این قتل معرفی کرد و گفت:
 
«وقتی من فرماندهان سپاه را نصب کردم اولین مأموریت‌شان همین بود که رسیدگی کنند اگر از ناحیه سپاه است اقدام شود. چون مردم سپاه نگرفته‌اند که بشود قاضی و حاکم شرع اما بعد معلوم شد دو گروه چریکی که جنگ را لازم می‌دانستند با یکدیگر برخورد داشته و گروهی، افراد گروه دیگر را کشته است . ... کسانی که این کار را کرده‌اند پیدا و به شدت مجازات می‌کنیم.» [56] 
 
خلخالی شخصاً در جلسه علنی مجلس شورای اسلامی شهریور ۱۳۶۳ ضمن برشمردن جنایاتش می‌گوید:‌
 
 «... من با قاطعیت در گنبد وارد شدم و یكی از كارهای برجسته و انقلابی‌ام در گنبد بود... ما دستور دادیم هر كسی را كه مسلّح باشد، بیاورند، كه آوردند. یكی، دو تا، سه تا، پنج تا. هركسی را كه مسلّح آوردند، ما اعدام كردیم. این جریان را كه می‌گویم شاهد زنده دارم: آقای مُصحَف، استاندار آن زمان مازندران، دادستان كل و آقای درویش، رئیس سپاه پاسداران گنبد، آقای درازگیسو،  كه چندی پیش سفیر جمهوری اسلامی ایران در آلمان شرقی بود، آقای نوروزی اصفهانی ... آقای بنفشه، رئیس سپاه پاسداران ایلام... و چه بگویم برای شما. آقای هاشمی [رفسنجانی], حاج احمدآقا [خمینی]، شخص حضرت امام، خود آقای منتظری و همه مسئولین، آقای دكتر بهشتی و آقای قدّوسی... همه می‌دانستند؛ آقای رفیقدوست هم می‌داند. ۹۴ نفر، منجمله، توماج، واحدی، مخدوم، جرجانی، اینها را بنده اعدام كردم؛ ۹۴ نفر را اعدام كردم نه یك نفر را... من با قاطعیت اسلامی در گنبد وارد جریان شدم و خلق تركمن را در آن جا كوبیدم...»[57]
 
رفسنجانی در مجلس هنگام سخنرانی خلخالی حاضر بود و سخنان او را تکذیب نکرد. خمینی و فرزندش احمد و آیت‌الله منتظری نیز موضوع را تکذیب نکردند. قطعاً همگی آن‌ها در این کشتار بیرحمانه سهیم هستند.
 
خلخالی که در اسفند ۱۳۵۸ مدعی بود حتی یک حکم اعدام برای ترکمن‌ها صادر نکرده، و استاندار را نیز شاهد می‌گرفت در این‌جا اقرار می‌کند که ۹۴ حکم اعدام و از جمله حکم ۴ رهبر ترکمن را نیز صادر کرده است و به همان استاندار هم اشاره می‌کند. او دم از «قاطعیت اسلامی» می‌زند و به جنایاتش افتخار می‌کند. جنایاتی که قبلاً از پذیرش آن طفره می‌رفت.
نکته‌ی مهم در این جنایت بزرگ آن است که تمامی ارکان سیاسی، قضایی، نظامی و مذهبی نظام اسلامی از بالا تا پایین هنگام صدور «اطلاعیه»‌ی خلخالی می‌دانستند که او دروغ می‌‌گوید و این جنایت توسط خودشان صورت گرفته است.
 
خلخالی در کتاب خاطراتش نیز به این کشتار پرداخته و آمار مشابهی می‌دهد.
 
او در اطلاعیه‌‌ی ۶ اسفند ۱۳۵۸خود جنبش ترکمن‌صحرا را ناشی از توطئه‌ی امپریالیسم و صهیونیسم بین‌المللی معرفی می‌کند که به خاطر ضرباتی که از انقلاب اسلامی خورده‌اند هر روز توطئه‌ای برپا می‌کنند.
 
اما خلخالی در کتاب خاطراتش جنبش مردم ترکمن‌صحرا را به روسیه و تلاش این کشور برای ایجاد یک کشور  جدید ربط می‌دهد:‌ 
«پس از بازگشت از کردستان با حکم امام و تنفیذ آیت‌الله منتظری برای مهار کردن غائله گنبد، روانه‌ی آن‌جا شدم و در آن جا ۹۴ نفر ، به ویژه مختوم، توماج و واحدی را اعدام کردم.
پاسگاه‌های ترکمن صحرا در مرز ایران و روسیه به هم خورده بود و حدود هفده پاسگاه خالی از سرباز بود و مرزها برای روس‌ها باز شده بود. خلق ترکمن می‌خواستند در آن‌جا با کمک روسیه حکومت دمکراتیک درست نمایند و روس‌ها هم که در خود چهل روز قبل، وارد افغانستان شده بودند، این بار می‌خواستند شمال مازندران و ترکمن صحرا و شمال خراسان را تجزیه کرده و ضمیمه‌ی خاک روسیه کنند و یک حکومت دست‌نشانده از نمونه‌ی حکومت ترکمنستان و مغولستان و افغانستان را در آن‌جا به وجود بیاورند. ولی بحمدالله با اقدامات انقلابی ‌ای که صورت دادیم، اوضاع را رو به راه نمودیم، آن‌گاه به همراه سرهنگ زاهدی رئیس ارتش وقت، به پاسگاه‌های مرزی «راشد برون» و «اینچه برون» رفتیم و اوضاع آن‌جا را نیز آرام کردیم. سپس از سوی شورای انقلاب و آیت‌الله منتظری برای آرام کردن اوضاع نابسامان شهرکرد به آن‌جا رفتم و منطقه را آرام کردم و در بیشتر استان‌های ایران یکی دو تا محاکمه برای تصفیه‌ی مفسدان برقرار نمودم و بحمدالله در همه‌ی زمینه‌ها مورد حمایت امام و آیت‌الله منتظری بودم و شاید همین لطف آن‌ها موجب حسد حاسدان شد. » [58]
 
قتل‌های بی‌حساب خلخالی و سپاه پاسداران تنها به این موارد ختم نمی‌شد. سید‌مهدی طباطبایی دادستان انقلاب اسلامی مازندران طی گفتگو با روزنامه اطلاعات در ساری گفت: 
«پس از سه روز تحقیق درباره وقایع گنبد گزارش کار را به تهران دادم و مطالبی را گفتم و آمار دقیق کشته شدگان را هم که ۳۶ نفر بود اعلام کردم و نیز ۲۳ جسد پیدا شد و علائم نشان می‌دهد که تیرخوردگی از ناحیه سینه به بالا است و حالت اعدام دارد. گزارش مربوط به تحقیق در باره این ۲۳ جسد نیز به رئیس جمهور و دادستان کل داده شد.»  [59]  
 
خلخالی می‌گوید پس از ترکمن‌صحرا «از سوی شورای انقلاب و آیت‌الله منتظری برای آرام کردن اوضاع نابسامان شهرکرد به آن‌جا رفتم و منطقه را آرام کردم و در بیشتر استان‌های ایران یکی دو تا محاکمه برای تصفیه‌ی مفسدان برقرار نمودم و – بحمدالله – در همه‌ی زمینه‌ها مورد حمایت امام و آیت‌اله منتظری بودم.» [60]
 
مأموریت برای حمل بقایای اجساد آمریکایی‌ها به تهران
 
پس از شکست تلاش تفنگداران آمریکایی برای آزادی گروگان‌های آمریکایی در صحرای طبس در اردیبهشت ۱۳۵۹ صادق خلخالی از سوی «بیت‌امام» مأموریت یافت تا اجساد سوخته تفنگداران آمریکایی را از محل حادثه به تهران حمل کند. روزنامه‌‌ها عکس وی را به همراه بقایای اجساد منتشر کردند. وی پس از بازگشت از کویر در حالی که از سوی احمد خمینی و موسوی‌خوئینی‌ها همراهی می‌شد در یک گفتگوی مطبوعاتی در محل سفارت آمریکا مدعی شد که «مدارک و شواهدی که از محل به‌جا ماندن هلی‌کوپتر‌های آمریکایی به دست آمده ثابت می‌کند که آمریکایی‌ها قصد انهدام تهران را داشتند.»‌ وی همچنین با سر هم کردن آمارهای عجیب و غریب مدعی شد که بیش از ۳۰۰۰ هزار تفنگدار آمریکایی در این حمله نظامی شرکت داشتند. [61]
 
صدور اطلاعیه‌های پیاپی
 
وقتی آیت‌الله سیدحسن طباطبایی قمی یکی از مراجع ساکن مشهد علیه احکام دادگاه انقلاب و مصادره اموال و ... موضع‌گیری کرد این خلخالی بود که به همراه شهاب‌الدین اشراقی داماد خمینی علیه وی موضع‌گیری کردند. او همچنین مقارن انتخابات مجلس شورای ملی اطلاعیه شدید‌اللحنی علیه سازمان چریک‌های فدایی خلق صادر کرد و آن‌ها را که پیگیر قتل رهبران ترکمن بودند کسانی معرفی کرد که دست پیش را گرفته‌اند که پس نیافتند. او که پیش‌تر از آیت‌الله شریعتمداری برای دریافت سهم امام و ... حکم گرفته بود پس از انقلاب به دشمن ایشان و «حزب جمهوری خلق‌‌ مسلمان» تبدیل شد و اطلاعیه‌های متفاوتی علیه این حزب انتشار داد.
 
پس از پایان انتخابات اولین دوره مجلس شورای ملی خلخالی به جای شورای نگهبان با صدور اطلاعیه‌ای مانع ورود غنی‌بلوریان نماینده‌ی مهاباد در مجلس شد. در اطلاعیه‌ی وی که سرتاپا دروغ بود آمده است:‌
«انتخابات این شهر زیر فشار و اختناق کومله و فدائیان خلق و دموکرات‌ها صورت گرفته و ۸۵ درصد کردستان و اطراف مهاباد که مسلمان و معتقد به دین و دیانت می‌باشند نتوانست‌ اند در انتخابات شرکت کنند .... روی این اصل انتخاب آقای غنی بلوریان از نظر اینجانب باطل می‌باشد و ایشان حق ورود به مجلس را ندارند . مضافاً بر این که ایشان در  کشتار برادران ارتشی و سپاهی ما در سردشت و بانه با سران کومله و فدائیان خلق شرکت داشته و از نظر دادگاه‌های انقلاب مجرم درجه یک می‌باشد و مانند عزالدین، قاسملو و جلال‌الدین باید به کیفر اعمال خود برسد .» [62]
وی همچنین در حالی که کاندیدای ریاست جمهوری بود ضمن سفر به مشهد در محوطه‌ی دانشکده دکتر علی شریعتی دانشگاه مشهد ضمن حمله به فردوسی گفت:‌
«فردوسی از رستم خیالی و پادشاهان تعریف کرده، در حالی‌که در کتاب خود یک کلمه هم از انسان و انسانیت و یا خراسانی رنج‌دیده نامی نبرده است. شاهنامه نیرنگ و دروغ و سرگرم‌کننده مردم بدبخت ماست.» [63]
 
خلخالی همچنین یکی از کسانی بود که سعی بسیاری داشت تا حجاب را در  ادارات اجباری کند. در تیرماه ۱۳۵۹ او همچون دیگر مسئولان رژیم از آیت‌الله منتظری گرفته تا حکام شرع و دادگاه‌های انقلاب و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و جامعه روحانیت مبارز می‌کوشیدند از فضای به وجود آمده پس از سخنرانی خمینی علیه از بین بردن آثار طاغوت از ادارات، استفاده کرده و حجاب را در مراکز اداری اجباری کنند.
خلخالی با صدور اطلاعیه‌ای ضمن دعوت مردم به شرکت در تظاهرات اعلام شده از سوی آیت‌الله منتظری در حمایت از فرامین خمینی و بیعت مجدد با او اعلام کرد:‌
«زنان پرشور و مسئول و متعهد و قهرمان و قهرمان پرور و شهید و پاسدارپرور این مرز و بوم با برگشت به وقار و حجاب اسلامی، ثابت خواهند نمود که در دام و تله امپریالیزم و صهیونیزم، قرار نگرفته‌اند، بلکه با تکیه به شرف انسانی و فضیلت اسلامی خود، با همه آثار طاغوتی مخالفت کرده و با شرکت همه جانبه خود در روز جمعه فردا عملاُ نشان خواهد دادکه یک زن و یک دختر به تمام معنا اسلامی می‌باشد. » [64]
خلخالی با همه‌ی شعارهایی که می‌داد نتوانست دخترش را با حجاب کند و او نیز عاقبت در «دام و تله امپریالیزم و صهیونیزم قرار گرفت» و کشف حجاب کرد و نه شهیدپرور شد و نه پاسدار پرور.
 
تخریب آرامگاه رضاشاه
خلخالی در اردیبهشت ۱۳۵۹ با بسیج عده‌ای پاسدار و چماقدار اقدام به تخریب آرامگاه رضاشاه کرد. خود در این باره می‌گوید:‌
«ما به دفتر امام رفتیم و طبق معمول، از هر دری سخن به میان آمد و گفته شد: زمان آن فرا رسیده است که مقبره پهلوی خراب شود. ... ما آن روز به سپاه رفتیم و… سرپرست سپاه، امکانات لازم را در اختیار ما گذاشت. ما حدود دویست نفر، با هم جمع شدیم و با بیل و کلنگ، به طرف حضرت عبدالعظیم به راه افتادیم. من در صحن مطهر حضرت عبدالعظیم، سخنرانی پرشوری ایراد کردم ... مردم لحظه به لحظه تکبیر می‌گفتند و ابراز شادی می‌کردند. من حدود سه ربع ساعت برای مردم صحبت کردم و صحن حرم مملو از جمعیت شد.
با صدور فرمان حرکت به سوی مقبره پهلوی، مردم بسیج شدند. آن‌ها در‌‌ همان دقایق اولیه خیلی تلاش کردند، ولی در عمل مشاهده شد که مقبره به قدری محکم ساخته شده که هیچ بیل و کلنگی به آن کارگر نیست. البته، مواد منفجره و سایر لوازم را هم تهیه کرده بودیم. از طرف سازمان رادیو و تلویزیون هم آمده بودند تا فیلم‌برداری کنند.
مردم ستم کشیده از دست این دودمان، به ویژه سالخوردگان حضرت عبدالعظیم، بی‌اندازه فعالیت می‌کردند یکی سنگ‌ها را می‌شکست و دیگری پله‌ها را می‌کند و سومی به در و پنجره حمله می‌کرد و خلاصه، هر کس کاری می‌کرد. سرانجام، کار به گریدر و بلدوزر و جرثقیل و وسایل قوی مکانیکی کشید. ساعت، حدود  ۳۰:۴ بعدازظهر بود که از طرف بنی صدر پیام آوردند، مبنی بر اینکه از تخریب مقبره دست بردارید. من اعتنا نکردم، ولی کم کم، کار جدی شد…. سرپرست وزارت کشور، نامه رسمی مرقوم و اعلام نمود که دستور از طرف شورای انقلاب و شخص آقای بنی‌صدر است و شما باید به هر نحو که شده، دست از تخریب بردارید، وگرنه مجبوریم طبق مقررات با شما عمل کنیم، یعنی شما را توقیف می‌کنیم. من دیدم که دیگر جای تأمل نیست. لذا، گفتم که: به آقای بنی‌صدر بگویید، هر چه می‌خواهد، طبق مقررات انجام دهد و ما هم اینجا هستیم و تا مقبره را با خاک یکسان نکنیم، از اینجا خارج نخواهیم شد.
اطراف مقبره را گروه مسلح فداییان اسلام در محاصره داشتند و پاسداران هم مواظب اوضاع بودند. سرانجام، شب فرا رسید، ولی ما نتوانستیم مقبره را بخوابانیم، اگرچه خسارت زیادی به آن زدیم و به صورت مخروبه درآوردیم. ساعت حدود ده شب، برای استراحت، محل مقبره را ترک کردم. کمی بعد، جناب آقای حاج احمدآقا خمینی، برای دیدن مقبره و در واقع، برای تقویت روحیه اینجانب به آنجا آمد و افراد مستقر در آن محل را تشویق کرد و با این عمل خود، فهماند که امام با تخریب مقبره، مخالفتی ندارند و این امر، بی‌اندازه موجب تقویت ما شد.
 ... ما فردای آن روز نیز، مشغول به کار شدیم. البته این بار با دلگرمی بیشتری کار می‌کردیم. در بعضی از جراید درج شده بود که تخریب مقبره پهلوی به تأخیر افتاد و این مطلب را از قول بعضی از کمیته‌ها نوشته بودند؛ اما ما با جدیت مشغول تخریب شدیم و مردمی که برای زیارت حضرت عبدالعظیم می‌آمدند، با شعارهای خود ما را تأیید می‌کردند.
تعداد بی‌شماری از مردم نیز از تهران برای کمک آمده و فریاد می‌زدند: باید مقبره هرچه زود‌تر خراب شود. شاید شما ندانید که این مقبره را تا چه حد محکم ساخته بودند. ما آن را مثقال مثقال می‌کندیم و بلدوزر و گریدر و وسایل تخریب عادی، بدان کارگر نبود. سرانجام، ما مجبور شدیم که با دینامیت مقبره را به تدریج خراب کنیم. هر روز، مهندسین و کار‌شناسان درجه یک، به عنوان متخصص تخریب از کارخانه سیمان ری می‌آمدند و چه بگویم، متجاوز از بیست روز طول کشید تا آن دکور شیطانی فرو ریخت و به طور کامل تخریب شد. پس از تخریب، صدای هلهله و شادی از مردم بلند شد و شور و شعف به قدری بود که غیرقابل‌وصف است.
... ما به چشم خود دیده بودیم که مردم ساده لوح، پس از زیارت حضرت عبدالعظیم، بر مقبره ناصرالدین شاه هم فاتحه می‌خواندند. البته، ما دست به کار شدیم و دستور دادیم که سنگ قبر ناصرالدین شاه را بکنند تا اثری از مقبره او در کنار حضرت عبدالعظیم نمانده باشد. ما نه تنها قبر رضا خان را با خاک یکسان کردیم، بلکه قبر علیرضا پهلوی [برادر محمدرضاشاه] و فضل‌الله‌خان زاهدی، عامل کودتای ۲۸مرداد و منصور، امضاکننده قرارداد کاپیتولاسیون و مصونیت مستشاران نظامی آمریکا و ده‌ها نفر دیگر از سردمداران فساد را نیز نابود کردیم. » [65]
 
او بعداً‌ از این که نتوانسته بود جسد رضاشاه را آتش بزند ابراز ناخشنودی می‌کرد.
 
خلخالی با حمایت خمینی و بودجه‌ای که او اختصاص داد، به جای قبر رضا‌شاه، حوزه‌ی علمیه حضرت عبدالعظیم را پایه‌‌گذاری کرد و خود مسئولیت آن را به عهده گرفت. پس از مرگ خمینی، ابتدا کروبی و منتجب‌نیا مسئولیت این حوزه را به عهده گرفتند و عاقبت مدیریت این حوزه را از دست او خارج کرده و به محمدی‌ری‌شهری سپردند.
گزارش‌هایی موجود است که خلخالی سعی در تخریب  آرامگاه فردوسی و تخت جمشید داشت که با مخالفت دولت موقت، استاندار فارس، آیت‌الله طالقانی و مقاومت مردم این امر ناکام ماند.
محمدرضاشاه در اردیبهشت ۱۳۳۴وقتی با تأیید ضمنی اجازه داد که حظیرةالقدس عبادتگاه مخصوص بهائیان در تهران به دست ارتش شاهنشاهی با نظارت سپهبد نادر باتمانقلیچ و تیمور بختیار و با حمایت محمدتقی فلسفی نماینده‌ی روحانیون درگیر در کودتای ۲۸ مرداد تخریب شود، هیچ‌گاه فکر نمی‌کرد روزی فرا رسد که همان‌ها آرامگاه پدرش را تخریب کنند. حظیرةالقدسی که به صورت کاخی عظیم و باشکوه با تکیه بر معماری قاجاریه در دو طبقه به صورت تالار با سقف‌های بلند و گچ‌کاری‌‌، آینه‌کاری و کاشی‌کاری‌های سنتی و زیبا بنا شده بود برای همیشه از بین رفت و پس از انقلاب در محل آن حوزه هنری سازمان تبلیغات اسلامی بنا شده است.
 
مخالفت با خلخالی در میان روحانیون و گردانندگان حوزه‌ی علمیه قم
به گزارش سایت پارسینه «در اواخر سال ۱۳۵۸ شمسی آقایان ابوالقاسم خزعلی، شیخ محمد یزدی، محمدرضا مهدوی کنی، محمد امامی کاشانی در اعتراض به رویه شیخ صادق خلخالی در مقام حاکم شرع و رئیس دادگاه انقلاب محرمانه به دیدن امام خمینی می‌روند و خواستار عزل خلخالی از سمت حاکم شرع می شوند. این جمع قبل از دیدار با امام خمینی تعهد می‌کنند که اگر خلخالی برکنار نشد، بطور علنی اعتراض کنند و حتی از مناصب حکومتی خود استعفا دهند، با شنیدن توضیحات این افراد، امام خمینی دستور برکناری آیت‌الله خلخالی را می‌دهد و حتی دستور می‌دهند که تصاویر خلخالی با ایشان هم از صدا و سیما پخش نشود. این افراد که بعدها از چهره‌های شاخص جناح موسوم به راست شدند نسبت به اعدام‌های بی‌رویه و عدم رعایت جوانب شرعی در محاکمات جنجالی شیخ صادق خلخالی معترض بودند.» [66]
 
ابوالقاسم سرحدی‌زاده، در مورد مخالفت بهشتی با خلخالی و نامه‌ای که نگهبان پزشکی قانونی خطاب به بهشتی نوشته بود می‌گوید:‌ 
«... ماجرای نامه به‌این‌ترتیب بود که یکی از نگهبان‌های پزشکی قانونی برای شهید بهشتی نامه نوشته بود که در یک شب که من در اینجا نگهبان بودم از دادگاهی که مسئولیت آن با مرحوم آقای خلخالی بود چهار نفر اعدامی را برای ما فرستادند که آنجا بماند تا صبح ببرند و دفن کنند. این چهار جنازه را در سردخانه گذاشتیم نیمه‌های شب از محل نگهداری جنازه‌ها سروصدایی آمد دیدم یکی از این اعدامی‌ها هنوز نیمه‌جان است و من به‌سرعت با آقای خلخالی تماس گرفتم و موضوع را اطلاع دادم و آنها هم شبانه دو، سه نفر را فرستادند، فرد نیمه‌جان را با تیر زدند و رفتند. بعد از مدتی که از عصبانیت ایشان کاسته شد به من گفتند فلانی! من باید به این اوضاع خاتمه دهم؛ من بساط این‌گونه دادگاه‌ها را جمع خواهم کرد ...» [67]
 
مأموریت مبارزه با مواد مخدر توسط بنی‌صدر
 
در اردیبهشت ماه ۱۳۵۹ صادق خلخالی که در انتخابات مجلس شورای ملی به نمایندگی از شهر قم انتخاب شده بود و بر خلاف قانون اساسی که قوای مجریه و مققنه و قضاییه از هم تفکیک شده بودند از سوی بنی‌صدر «مأمور رسیدگی به امر مبارزه با مواد مخدر شد» که با استقبال تمام جناح‌های حاکمیت و از جمله خمینی مواجه شد. 
بنی‌صدر که خود را مخالف احکام اعدام دادگاه‌های انقلاب معرفی می‌کند، علیرغم آگاهی از سوابق جنایتکارانه‌ی خلخالی، او را به این سمت گمارد، در حکم خود خطاب به خلخالی از وی خواست تا «در امر مبارزه با قاچاق و مصرف مواد مخدر نظارت داشته و در جهت ریشه کن کردن عفریت اعتیاد در جامعه بویژه بین نسل جوان قاطعانه عمل نماید.» [68] وی که پیشتر به خاطر فشار جناح راست روحانیت و نارضایتی عمومی از ریاست دادگاه‌های انقلاب برکنار شده بود به این ترتیب دوباره به منصب قضا برگشت و مالک جان و مال مردم شد. دلیل اصلی اعتماد بنی‌صدر به خلخالی و بی‌توجهی به سابقه‌ی جنایتکارانه‌ی وی، حمایت خلخالی از کاندیداتوری او در انتخابات ریاست جمهوری بود.
 
خلخالی یک روز بعد از این انتصاب، به عنوان حاکم شرع دادگاه مبارزه با مواد مخدر می‌گوید:
«کسانی را که در زمینه قاچاق و توزیع مواد مخدر فعالیت نمایند در درجه اول به مصادره اموال محکوم خواهیم کرد، در درجه دوم به زندان خواهیم انداخت، در درجه سوم زندان و تبعید در انتظارشان خواهد بود، و اشد مجازات برای آن‌ها اعدام خواهد بود. من در این زمینه با شهربانی و اداره مبارزه با مواد مخدر همکاری خواهم داشت و احکام شرعی مربوطه را صادر خواهم کرد.» [69]
 
هیچ‌یک از منتقدان خلخالی هم مخالفتی با مسئولیت جدید او نکردند. وی در اولین اقدام خود در تهران ۲۰ قاچاقچی مواد مخدر را در ۳۱ اردیبهشت ۱۳۵۹ به جوخه‌ی اعدام سپرد. روزی نبود که خبر از اعدام‌های لجام‌گسیخته‌ی او در ارتباط با مواد مخدر در اقصی نقاط کشور نباشد. خلخالی بر اساس حکمی که از سوی بنی‌صدر دریافت کرده بود نه تنها در تهران بلکه در سراسر کشور دست بازی برای تشکیل دادگاه و صدور احکام بیرحمانه‌ی اعدام پیدا کرده بود. از آن‌جایی که او نمی‌توانست در آن واحد در همه‌ جای کشور حضور یابد هیأت‌های مختلفی را تشکیل داده و به نیابت از سوی او به صدور حکم اعدام می‌پرداختند. طبق معمول وقتی کار از کار گذشت، هیچ‌کس حتی بنی‌صدر مسئولیت اعمال او را نپذیرفت و هریک بهانه‌ای برای خود دست‌پا کردند.
در حالی که خلخالی در آذرماه ۱۳۵۹ تأکید کرد :
«دست‌اندرکاران و مقامات مسئول مملکتی آقای بنی‌صدر رئیس جمهوری بر آن شدند که آن جرثومه‌ کثافت و این گرد لعنتی را از بیخ و بن براندازند قرعه فال به نام من بیچاره زدند! با این که در اوایل امر احساس کردم کارشکنی‌ها وجود دارد لذا استعفا کردم، ولی استعفای من مورد قبول واقع نشد، ما ضربتی وارد عمل شدیم، دروازه‌های همه‌شهر‌ها را بستیم به مراکز تریاک و افیون شب و نصف شب از دهات همدان و ملایر گرفته تا سبزوار و مشهد، کرمان، شیراز، اصفهان و همه‌جا جمله کردیم، گرد شیطانی را با باند قاچاق گرفتیم و این اژدهای استعمار را توانستیم در قفس بیاندازیم حتی تعدادی از پلیس و افسران پلیس که در این رابطه مواد مخدر را در بدن خود جاسازی می‌کردند، توقیف کردیم و در یک محکمه انقلابی اعدام نمودیم ... کارها خیلی خوب پیش رفت. حتی ‌الان پس از گذشت ۷ ماه معتاد تک و توک پیدا می‌شود. صحنه‌های رقت‌بار که دل هر انسان آزاده‌ای را ناراحت می‌کرد و قلب آن‌ها را فشار می‌داد، دیگر وجود ندارد.... مواد مخدر جمع‌آوری شده، اعتیاد به آخر رسیده، از روز ۱۹ آذرماه اعتیاد جرم حساب می‌شود... من همه کسانی را که ادعا می‌کنند اگر باند قاچاق و معتادین شکنجه‌شده‌اند به مناظره می‌طلبیم. ولی این معنا را اعتراف می‌کنم که حد شرعی وجود داشته است. آقایان روشنفکر شده‌اند و ما را می‌خواهند آمریکایی و اروپایی بار بیاورند و توقع دارند کسی که ده‌ها کودک را به خودشی و هروئین‌فروشی و سرقت وا می‌دارد، نباید به او دو تا سیلی هم بزنیم؟ آیا سیلی زدن بر او خواسته ملت ایران نیست؟ اگر این خواسته‌ی ملت ایران نیست ما حاضریم استعفا بدهیم و در مقابل ملت ایران حکم خود را صادر کنیم و از طرف ملت مسلمان سنگسار شویم والا از طرف لیبرال‌ها و روشنفکر‌نماها که نگذاشتند از بدو امر کار به سامان برسد، ما کراراً سنگسار شده‌ایم.» [70]
 
در حالی که چهره‌ی پلید خلخالی رو شده بود اما وی همچنان از حمایت ضمنی مجاهدین برخوردار بود. در جریان «نوار آیت»[71]که به درگیری شدید بین بنی‌صدر و حزب جمهوری اسلامی دامن زد و به طرح کودتا علیه بنی‌صدر معروف شد، مجاهدین آتش‌بیار معرکه بودند و روی دیوار‌ها شعار می‌نوشتند: «خلخالی مفسدش کن، آیت‌ رو اعدامش کن». آن‌ها مطلقاً توجهی به پیامدهای این گونه دستورالعمل‌های ارتجاعی آن‌هم با خواسته‌ی برخاسته از «شریعت» نداشتند.
عاقبت خلخالی در دیماه ۱۳۵۹ استعفا داد. نکته‌ی عجیب آن بود که وی در ستاد فدائیان اسلام بیش از ۲۰ تن تریاک، ۲۷۴۲ کیلوگرم حشیش، ۴۳۵ کیلو هروئین و ۲۲۶۴ کیلوگرم سوخته تریاک را به قدیریان معاون اجرایی قدوسی دادستان کل  انقلاب اسلامی تحویل داد [72] و هیچ‌کس نمی‌پرسید چرا این همه مواد مخدر در ستاد یک گروه سیاسی نگهداری می‌شد و از ابتدا به نهادهای ذی‌ربط تحویل داده نشده بود.
غلامحسین صادقی قهاره معاون قضایی دادستان کل کشور و سرپرست دایره مبارزه با مواد مخدر پس از برکناری خلخالی می‌گوید:‌
«تا زمان شهادت مرحوم قدوسی، سرپرست دادسرای مواد مخدر بودم. آن زمان خلخالی دیگر کنار رفته بود اما یک‌سری احکام و پرونده‌ها مربوط به رسیدگی‌های ایشان بود. با مرحوم قدوسی صحبت کردیم که این احکام را چه‌کار کنیم. مرحوم قدوسی چهار نفر شامل آقای رازینی، رهبرپور، یونسی و سلیمی را تعیین کرد که این افراد صبح به صبح به دادسرا می‌آمدند. ما به آنها ماشین می‌دادیم و صندوق عقب ماشین را هم پرونده می‌گذاشتیم و راننده آنها را به قزلحصار یا رجایی‌شهر می‌برد و افراد را دوباره محاکمه می‌کردند تا روال صحیح انجام شود. این هیأت احکام جدید را می‌دادند و ما به زندان اعلام می‌کردیم که فلان زندانی محکومیتش از ۲۰ سال به دو سال تبدیل شده یا محکومیتش پایان یافته و باید آزاد شود.» [73]
 
اعدام در شیراز با حمایت حزب جمهوری اسلامی و خمینی
 
خلخالی بر اساس این حکم تنها به اعدام قاچاقچیان و یا متهمان در ارتباط با مواد مخدر اکتفا نکرد بلکه با حمایت دستگاه قضایی، دستغیب امام جمعه شیراز، سپاه پاسداران، حزب جمهوری اسلامی، نمایندگان شیراز در مجلس شورای اسلامی و ... به صدور حکم اعدام برای دیگر متهمان دادگاه انقلاب شیراز نیز مبادرت کرد.
 
خلخالی رسیدگی به پرونده‌‌های غیرمرتبط با مواد مخدر در شیراز را به بنی‌صدر ربط داده و می‌گوید:‌
«هنگامی که مشغول رسیدگی به پرونده قاچاقچیان مواد مخدر بودم، پس از گفتگوئی تلفنی با رئیس جمهور ایشان از من خواستند که پرونده افرادی را که اتهام سیاسی دارند و مجرم درجه یک هستند بررسی کنم و حکم شرعی را صادر نمایم.» [74]
محسن کدیور در رابطه با جنایتی که خلخالی در شیراز مرتکب شد می‌نویسد:
«صادق خلخالی در تیر ۱۳۵۹ ظاهراً برای محاکمه متهمان مواد مخدر به شیراز دعوت شد، اما در بدو ورود با هماهنگی پاسداران، عبدالحسین دستغیب امام جمعه و مسعود خاتمی فرمانده سپاه شیراز، به محاکمه «ضدانقلابیون» همراه با متهمان مواد مخدر پرداخت. حاکم شرع دادگاه انقلاب و دادستان انقلاب شیراز حاضر به همکاری با او نشدند. او نیز بی آنکه نیازی به مطالعه سوابق قضایی متهمین احساس کند، در کمتر از پنج ساعت بیست و چهار نفر را محاکمه و بلافاصله چهارده نفر از آنان را اعدام کرد.
آقای شیخ بهاء‌الدین محلاتی مرجع تقلید مردم جنوب ایران در نامه مورخ ۲۵ تیر ۱۳۵۹ به آقای خمینی بشدت از این اعدام‌های خلاف شرع و قانون و بطور کلی از نحوه مدیریت کشور، عملکرد دادگاه‌های انقلاب و سپاه پاسداران انتقاد کرد. آقای خمینی بیش از دو هفته بعد به اختصار به نامه همرزم ۱۵ خرداد سال ۴۲ خود پاسخ داد و اشکال او را وارد ندانست. از سوی دیگر امام جمعه شیراز و نماینده ولی فقیه در استان فارس در تلگراف مورخ ۲۳ تیر و مصاحبه ۱۸ شهریور ۵۹ خود تمام قد از شخص خلخالی و اعدام‌های تیر شیراز حمایت کرد.
اسدالله عندلیب حاکم شرع و رئیس دادگاه انقلاب اسلامی شیراز در تاریخ ۱۷ تیر ۱۳۵۹ در گزارش مستندی خلاصه پرونده قضائی ۲۴ نفری که توسط صادق خلخالی در عرض حداکثر ۵ ساعت بدون دسترسی به پرونده قضائی محاکمه و ۱۴ نفر آنها محکوم به اعدام شدند و حکم صادره فورا در تاریخ ۱۲ تیر ۱۳۵۹ به مرحله اجرا گذاشته شد را برای آقایان خمینی، بنی صدر، منتظری، مشکینی، قدوسی، شورای اعزام قضات شرع در قم، و دادسرای کل انقلاب اسلامی ایران در تهران ارسال می کند....
این گزارش رسمی قضائی از مهم‌ترین اسناد دادگستری در دوران جمهوری اسلامی است.
 
متن کامل گزارش قضائی رسمی
«برای آگاهی رهبر عالیقدر انقلاب اسلامی ایران، ریاست جمهوری کشور اسلامی ایران، آیات عظام [حسین‌علی] منتظری، [علی] مشکینی و [علی] قدوسی، شورای اعزام قضات شرع [قم]، و دادسرای کل انقلاب اسلامی ایران
روز پنجشنبه ۱۲ تیر ۱۳۵۹ شمسی حجت الاسلام شیخ صادق خلخالی به شهر شیراز وارد و مستقیما به مقر سپاه پاسداران [انقلاب اسلامی] شیراز عزیمت و در آن مکان مستقر گردید. تلفنی با دادگاه انقلاب اسلامی شیراز تماس و درخواست پرونده چند نفر از محکومین و متهمین دادگاه انقلاب اسلامی را کرد. حاکم شرع دادگاه انقلاب اسلامی شیراز [عندلیب] ضمن امتناع و خودداری از تسلیم پرونده های مورد نظر ایشان از وی درخواست ارائه مجوز و ابلاغ قانونی و شرعی مبنی بر نوع مأموریت و دخالت در حوزه قضائی دادگاه انقلاب اسلامی شیراز کرد، که پاسخ مثبت داده نشد.
شیخ صادق خلخالی بدون توجه به قوانین جاریه رژیم جمهوری اسلامی و موازین شرع انور اسلام تحت تأثیر اظهارات غرض آلود پاسداران سپاه شیراز که چند ماهی است بین آنان و دادگاه انقلاب اسلامی شیراز به علت جلوگیری از نفوذ و اعمال خلاف شرع و قانون پاسداران در دادگاه انقلاب  اسلامی شیراز وسیله حاکم شرع، اختلافی حادث گردیده، زندانیان مورد نظر پاسداران را از زندان عادل آباد شیراز بدون کسب اجازه یا صدور دستور از ناحیه دادستان انقلاب اسلامی شیراز [میرغفاری] به مقر سپاه پاسداران احضار و ظرف ۴ یا ۵ ساعت چهارده نفر را به اعدام و تیرباران و ده نفر را به حبسهای پانزده تا پنج سال باصطلاح محکوم و اموال تعدادی از ساکنین این شهرستان را مصادره کرد.
۱- سرهنگ غضنفر بهمن پور، فرزند محمدقلی، فرمانده گارد سابق دانشگاه شیراز، بازنشسته در تاریخ ۱ آذر ۱۳۵۷؛ در تاریخ ۲۷ خرداد ۱۳۵۸ دادگاه انقلاب اسلامی شیراز به حاکمیت شرع [آقا] سیدمحمدعلی دستغیب و سایر اعضا دادگاه تشکیل و با رعایت تخفیف به حبس ابد محکوم گردیده و در زندان عادل آباد [دوران] محکومیت خود را می گذرانده، طبق فرمان عفو امام و کسب نظر دادستان کل انقلاب اسلامی [قدوسی] با معرفی چهار نفر ضامن به مبلغ ۲۰ میلیون تومان مشمول عفو بوده که در جریان انجام تشریفات اخذ ضامن بوده است. پرونده و نوار دادرسی وی در دادگاه انقلاب اسلامی شیراز موجود است. در تاریخ ۱۲ تیر ۱۳۵۹ وسیله شیخ صادق خلخالی بدون کسب اجازه از دادستان انقلاب اسلامی محل از زندان احضار و بدون ملاحظه و مطالعه پرونده وی دستور اعدام وی را صادر و حکم اعدام بلافاصله به اجراء گذاشته است.
۲- ناصر ذوالقدر، فرزند تقی، مأمور سابق اطلاعات شهربانی شیراز؛ در تاریخ ۲ تیر ۱۳۵۸ دادگاه انقلاب اسلامی شیراز به حاکمیت شرع [آقا] سید محمد علی دستغیب تشکیل و با در نظر گرفتن عفو امام با یک درجه تخفیف به حبس ابد و ۹۰ ضربه شلاق در دو نوبت محکوم گردیده بود، حکم صادر قطعی بوده، در مورخه ۱۲ تیر ۱۳۵۹ وسیله آقای خلخالی بدون کوچکترین محاکمه ای و بدون مطالعه و ملاحظه پرونده وی حکم اعدامش را صادر و فوری به مرحله اجرا گذاشته شده است.
۳- سرلشکر علی اصغر ده پناه – دادگاه انقلاب اسلامی شیراز در جلسه اول به حاکمیت شرع آقای سید علی محمد دستغیب در مورخه ۱ آذر ۱۳۵۸، جلسه دوم دادگاه به حاکمیت شرع آقای شیخ اسدالله بیات  و سایر اعضا دادگاه با توجه به مواد مندرج در حکم به یک سال حبس و مصادره اموال محکوم گردیده بود. در مورخه ۱۲ تیر ۱۳۵۹ که به علت بیماری قلبی و عمل جراحی روی قلب در بیمارستان شهریار تحت الحفظ مامورین بوده با برانکارد (بر اساس ادعای شهود قضیه) به دادگاه آقای خلخالی احضار و بلافاصله اعدام گردید.
۴- مراد قنبری فرزند سرمست متهم به خرید و فروش اسلحه به شش ماه حبس تعلیقی برای مدت ۲ سال به حاکمیت شرع اسدالله عندلیب محکوم گردیده و در مورخه ۳۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نامه آزادی وی به زندان صادر گردیده بود، در مورخه ۱۲ تیر ۱۳۵۹ وسیله خلخالی اعدام گردید.
۵- سرگرد منوچهر ادیب پور فرزند عبدالحسین [به حکم دادسرای انقلاب] اسلامی شیراز بازداشت و پرونده اش در جریان رسیدگی و تکمیل شدن بوده، به دستور آقای شیخ صادق خلخالی [در تاریخ ۱۲ تیر ۱۳۵۹ اعدام می شود.]
۶- داریوش بیضائی فرزند اسماعیل کارمند ساواک، پرونده نامبرده  در جریان رسیدگی و تحقیقات در دادسرای انقلاب اسلامی شیراز بوده است، در مورخه ۱۲ تیر ۱۳۵۹ وسیله آقای خلخالی اعدام گردید.
۷- نسبت به پرونده های عبدالرسول ولدان، محمد حسین اعرابی، احمد رضائی، محمد دادپور، مظفر دشتبان، حسین دینکامی از طرف دادسرای انقلاب اسلامی شیرازمنتهی به صدور کیفرخواست گردیده بود، و جهت دادرسی در مرحله ارسال به دادگاه انقلاب اسلامی شیراز بوده، که در مورخه ۱۲ تیر ۱۳۵۹ وسیله آقای شیخ صادق خلخالی بدون مطالعه و ملاحظه پرونده و بدون کسب اجازه از دادستان انقلاب محل از زندان احضار، و بلافاصله اعدام گردیدند.
۸- بانو نصرت گوئل مدیر آرایشگاه زنانه در شیراز ساعت ۴ و نیم بعد از ظهر از آرایشگاهش وسیله مامورین [بدون] داشتن کوچکترین پرونده ای در مراجع قانونی به دستور آقای خلخالی [جلب و] اعدام گردید.
۹- و تعداد ۹ نفر دیگر از زندانیان که با وجود اینکه اکثرشان دارای پرونده در دادسرای انقلاب بوده اند و پرونده شان منتهی به صدور کیفرخواست بود و آماده محاکمه در دادگاه انقلاب اسلامی شیراز بوده اند، در مورخه ۱۲ تیر ۱۳۵۹ وسیله آقای شیخ صادق خلخالی [به] از ۱۵ سال تا ۵سال حبس محکوم گردیده اند، و حکم مصادره اموال چندین نفر بدون داشتن سابقه یا پرونده صرفا به [اتکای] اظهار چند نفر از پاسداران جوان سپاه شیراز صادر گردیده است.
۱۰ - متهمی بنام شیخ حسن سعیدی در لباس روحانیت مرتکب کلاهبرداری و تقسیم اموال بنیاد مستضعفان بدون کسب اجازه از بنیاد، با قرار قانونی از طرف حاکم شرع دادگاه انقلاب اسلامی شیراز بازداشت و پرونده اش در جریان رسیدگی و تکمیل شدن بوده، به دستور آقای شیخ صادق خلخالی از زندان شهربانی بدون اطلاع دادستان انقلاب و حاکم شرع دادگاه انقلاب اسلامی شیراز آزاد می گردد.» [75]
 
با این وجود جنایات خلخالی در شیراز، مورد تأیید عبدالحسین دستغیب امام جمعه شیراز که در سال ۶۰ توسط مجاهدین کشته شد و همچنین سید‌علی‌اصغر دستغیب و سیدعلی‌محمد دستغیب خواهرزاده‌های او که خودشان حاکم شرع شیراز بودند قرار گرفت و آن‌ها اطلاعیه‌ای در این باره صادر کردند:‌
«باسمه تعالی. ریشه‌ی فساد در دو چیز [است: ۱.] بقایای رژیم شاهنشاهی، که اغلب به صورت گروه‌های منحرف ظاهر می‌شوند،  فحشاء و مواد مخدر. در ریشه کن شدن این دو است که می توان گفت کشور ایران به دور محور اسلامی می‌چرخد. جای بسی امید است که آیت‌الله شیخ صادق خلخالی کوشش شبانه‌روزی خود را در این دو امر صرف می‌کنند. ما ضمن پشتیبانی از اعمال انقلابی ایشان به خصوص عمل اخیرشان در شیراز در تاریخ ۱۲/۹/۵۹ در دادگاه‌ها به خصوص دادگاه شیراز می‌خواهیم که در اجرای اوامر امام راجع به پاکسازی محیط مسامحه نکنند.» [76]
 
حاکم شرع شیراز به خاطر اطلاعی که از مواضع بهشتی رئیس دیوان عالی کشور، موسوی اردبیلی دادستان کل کشور و هاشمی رفسنجانی رئیس مجلس شورای اسلامی به عنوان گردانندگان حزب جمهوری اسلامی داشت آن‌‌ها را در ضمن مخاطبان گزارش نگذاشته است. عدم ارسال گزارش برای دو مقام اول قضائی کشور بیش از هرچیز بیانگر همراهی آن‌ها با جنایات صورت‌گرفته از سوی خلخالی است.  
 
نه تنها خلخالی از سوی مخاطبان این گزارش مورد بازخواست قرار نگرفت بلکه برعکس خمینی در سخنرانی ۲۹ تیر ۵۹ در جمع مسئولان عالی قضائی کشور صریحا با اسم از اعدام‌های خلخالی در آغاز انقلاب حمایت کرد!
 
«ما نمى‌توانیم تحمل کنیم این مطلبى را که آقایان مى‌خواهند با آن مغزهائى که در اروپا تربیت شده است درست بکنند. ما مى‌خواهیم اسلام را چه بکنیم. یکى از اینها آمده بود گریه مى‌کرد که چرا بعضى از اینها را مى‌کشند، نه این آخرى‌ها را، آنهائى که آقاى [صادق] خلخالى مثلاً مى‌کشتند.»  (بیانات مورخ  ۲۹ تیر ۱۳۵۹ در جمع اعضاى شوراى عالى قضائى با عنوان ما در پیشگاه ملت جواب باید بدهیم.) [77]  
 
خلخالی در توجیه جنایتی که مرتکب شده بود یک روز بعد در نماز جمعه گفت:
ما از دادستان انقلاب شیراز [ابراهیم میرغفاری] درخواست پرونده‌های موجود در دادگاه انقلاب را کردیم. متأسفانه این پرونده‌ها را در اختیار ما نگذاشتند، و ما طبق همان پرونده‌هایی که در زندان یا در دست سپاه پاسداران بود و با اظهارات شهود و افراد بی طرف پنج نفر از افراد ضد‌انقلاب را با آن‌که دو نفر از آنان قبلاً در دادگاه محاکمه و محکوم به حبس ابد شده بودند، با توجه به جنایتی که مرتکب شده بودند، و از نظر بنده احتیاجی به مطالعه پرونده آنها هم نبود، محکوم به اعدام گردیدند و حکم اعدام این پنج نفر یعنی سرلشکر ده پناه، سرهنگ بهمن‌پور، داریوش بیضائی، سرگرد ادیب‌پور، و استوار ذوالقدر سحرگاه امروز اجرا شد، و این وظیفه انسانی و اسلامی من بود. و من کار خود را طبق موازین شرعی انجام داده‌ام.» [78]
 
محسن کدیور در مورد اتهامات یکی از اعدام‌شدگان می‌‌نویسد:
«یکی از اعدام‌شدگان بانویی کلیمی بود بنام نصرت گوئل صاحب آرایش‌گاهی زنانه در خیابان لطفعلی خان زند شیراز. اتهامات او در روزنامه‌های وقت از قول حاکم شرع دادگاه ویژه انقلاب چنین اعلام شده بود: «دائر کردن شیره کش خانه و قاچاقچی»، «به فساد کشاندن دختران و فروش آنان به مردان» و «دائر کردن مراکز فحشاء و قاچاق».  
و در ادامه به نامه‌ی خانواده‌ی خانم گوئل اشاره می‌کند:
«جامعه کلیمیان شیراز تشییع جنازه چشمگیری برای خانم گوئل ترتیب داد. چند روز بعد مادر، پدر و همسر وی در اوایل ماه رمضان (اوایل دهه سوم تیر ۱۳۵۹) به ملاقات مرجع تقلید مسلمانان آمده تظلم نامه‌ای کتبی زیر را خدمت ایشان تقدیم کردند:
به نام خدا
حضور محترم مرجع عالیقدر جناب آقای سید بهاءالدین محلاتی
به طوری که اطلاع دارید روز پنجشنبه ۱۲/۴/۱۳۵۹ شیخ صادق خلخالی ناگهان به شیراز وارد و با یک حمله بی رحمانه و یورش غیر شرعی و غیر قانونی ۱۴ نفر را محکوم به مرگ و عده ای را هم محکوم به حبس نموده است. یکی از این مظلومین محکومین به مرگ بانو نصرت گوئل است که فرزند و همسر امضا کنندگان بدبخت زیر این شکوائیه می‌باشند.
این بانو که سه ماهه حامله و دارای چهار فرزند دیگر بوده که بزرگترین آنها سیزده ساله است بدون کوچکترین و کمترین تقصیر و گناهی فدای بی‌توجهی و شهرت طلبی و عناد و لجاج شیخ صادق خلخالی شده است. این زن بدبخت که تمام عمر را با زحمت و کارگری به سر برده است تا شاید بتواند کمک معاشی برای خانواده‌ی بیچاره‌ی خود باشد بی خبر از همه جا در مغازه‌ی خود که در مجاور سایر مغازه‌های مسلمان نشین قرار دارد مشغول به کار خود بوده که غفلتا چند نفر پاسداران کار او را تعطیل و یک راست او را به مسلخ می برند و پس از چند ساعت او را تیر باران می کنند بدون اینکه اجازه دهند حتی آخرین وداع خود را با فرزندان بی‌سرپرست و پدر و مادر داغدیده و پیر و شوهر درمانده و بی‌پناهش انجام دهد. .... و آخرالامر هم پس از کشتن یک زن معصوم و بدبخت مختصر اموال او را که منحصر به سه دانگ خانه ۱۶۰ متری می باشد و فرزندان بدبخت و بی‌پناه او در آن زندگی می‌کنند مصادره شود و پاسداران خلخالی درب مغازه‌ی ۶ متری او را مهر و موم نمایند.» [79]
 
در تیرماه ۱۳۵۹ و پس از انتشار «نوار آیت» علیه بنی‌صدر که توسط یکی از هواداران مجاهدین به نام کفایتی مخفیانه ضبط شده بود و از آن به عنوان طراحی «کودتای آیت» علیه رئیس جمهور یاد می‌شد، مجاهدین به منظور داغ کردن تنور اختلاف بین بنی‌صدر و حزب جمهوری اسلامی، روی دیوار‌های تهران شعار می‌نوشتند «خلخالی مفسدش کن، آیت‌ رو اعدامش کن» که همچنان بوی حمایت از جنایات خلخالی از آن می‌آمد.
پس از دستگیری عوامل کودتای نوژه، مجید انصاری، جعفر شجونی و تعدادی دیگر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی در سخنرانی‌های پیش‌ از دستور خود در مجلس خواهان آن شدند که محاکمه‌ی کودتاگران به خلخالی سپرده شود.
 
نحوه‌ی رسیدگی به پرونده‌های قضایی
 
فضل‌الله صلواتی نماینده‌ی دور اول مجلس شورای اسلامی در مورد چگونگی رسیدگی به پرونده‌ها توسط خلخالی می‌گوید:‌
«در سال ۱۳۵۹ بود كه چند نفر از معتمدین بازار اصفهان را دستگیر كرده و به تهران آورده بودند و من هم در تهران نماینده مجلس بودم. برخی تندروها كه در خط مقابل آنها بودند اصرار داشتند كه سریعا بدون محاكمه اعدام شوند. ... در هر صورت برای اینكه بنده معترض دادگاه‌های اصفهان نشوم از سوی یكی از دادگاه‌های اصفهان شاید دادگاه انقلاب آن چند نفر بازاری را كه نفهمیدم به چه جرمی دستگیر شده بودند به تهران حضور آیت الله خلخالی فرستادند، خانواده‌های آنها به بنده كه در آن موقع تنها نماینده مردم اصفهان در مجلس شورای اسلامی بودم تلفن زدند، بنده هم خدمت آقای خلخالی معروض داشتم كه این افراد را من می‌شناسم. انسانهای فوق‌العاده هستند، برای دستگیری آقایان مواظب باشند كه توطئه‌ای در كار نباشد و جزو جناح‌های خاص سیاسی نباشند و حتی به عرض ایشان رساندم كه یكی از آنها در زمان شاه در زندان اصفهان با من زندان بود، به زندانیان سیاسی مخصوصاً مذهبی‌ها و روحانی‌ها نهایت لطف و مرحمت را داشت. آنان را به اطاق خود می‌برد و پذیرایی می‌كرد، چند مرتبه هم او را ساواك احضار و مضروبش كردند، در هر صورت خدمت‌ها و كارهای خوب و بد آنها را با هم بسنجید و طبق اصول شرع محاكمه كنید، جناب آقای خلخالی قول مردانه دادند!
 
فردا در راهروهای مجلس مرا صدا كرده و گفتند آن‌را كه گفتید صبح زود اعدام كردم، دیگر قسمت چنین بود، دیگر گذشت، ناراحت نباشید، با حالت ناراحتی گفتم جرمش چه بوده؟ فرمودند : کسی اعتراف کرده که از ایشان مقداری تریاک گرفته. من دیگر چیزی نگفتم و رفتم، بعدها فهمیدم از افراد دیگر مبالغی پول به حساب دادگاه گرفته شده و رها شده‌اند، ولی چون این یكی نداشته و یا نداده، اعدامش كرده‌اند. بعدها پرونده آن شخص را كه دیدم، فقط یك وصیت‌نامه داخل آن بود و دیگر هیچ. جریان را به عرض مبارك امام (ره) و حضرت آیت الله منتظری رساندم كه آن زمان موقعیتی سیاسی داشتند، فكر می‌كنم آقایان تذكرات لازم را به آقای خلخالی داده بودند كه یك روز در راهروهای مجلس فریاد برآورند كه هر كس به حكم شرع محكوم به اعدام باشد كه لازم نیست شماره شناسنامه‌اش درجایی درج شود و با این سخن می‌خواستند بفرمایند كه خودشان ملاك و معیار شرع و اسلام هستند و هر چه تشخیص دادند همان حكم قطعی شرعی است، با پول می‌شود افرادی را از اعدام رها كرد، كسی كه پول نداد باید اعدام شود! و پرونده هم لازم نیست. » [80]
 
خلخالی در گفتگو با پیام فضلی‌نژاد از قتل یک کودک پانزده ساله می‌گوید:‌
«تازه بود که حاکم شرع شده بودم و بنا داشتم تا با منافقین قاطعانه برخورد کنم. برای خیلی از همکارانم سوال بود که چگونه می شود این ها را سر جایشان نشاند. عصر از پیش امام بازگشته بودم و با همراهان و همکاران و محافظانم قرار بود شام را در منزلم بخوریم. داشتیم می‌آمدیم داخل کوچه منزل که از شیشه ماشین دیدم دوتا بچه پانزده، شانزده ساله گویا مخفیانه چیزی با هم رد و بدل کردند. دستور دادم بگیرند و بگردندشان ببینم ماجرا چیه. خودم از کیف پسره این روزنامه مجاهدین را در آوردم. یادم هست فامیلش شریعتی بود از خانواده‌های اسمی قم. همانجا پسره را با گلوله زدم و به همراهانم گفتم اینجوری باید با این جانوران برخورد کرد! » [81]
 
صادق خلخالی در گفتگو با پیام فضلی‌نژاد می‌گوید:‌
«تاریخ باید نماد دلاوری‌های انقلابیون باشد ، حالا خطاهای‌شان را که نباید بزرگ کرد. مثلاً اینکه پاسداران یک برادر دوقلو را به جای دیگری آورده‌اند و من اعدامش کرده‌ام ، اینکه نکته مهمی نیست یا مثلاً یک گروه بودند که آخر سال ۵۹ فکر می‌کنم دستگیر کردند که اساساً اسلامی بودند، اما خب به ما گفتند که اینها مارکسیست هستند و من بدون فوت وقت از دم تیغ گذراندمشان. بعد هم اعلام کردیم اینان در صف شهدای انقلاب هستند و حقیقتاً هم دروغ نگفتیم» [82]
 
پیام فضلی‌نژاد در پاسخ به خلخالی می‌گوید:‌
«... مردم کوچه و بازار قم حتی می‌گویند دست خلخالی به خون بسیاری از نوجوانان و جوانان بیگناه آلوده است. یکی از آن‌ها برایم تعریف می‌کرد که شما روزی بنا داشتید بیست نفر را با هم محاکمه کنید. جلوی صف آن‌ها رفتید و گفتید یکی درمیان از سمت راست ، اولی اعدام شود و دومی حبس ابد برود. نفر آخر که حبس ابد گرفته بود، به امید اینکه شاید روزی آزاد شود، گویا خنده‌ای بر لبانش نقش بست و شما تا خنده او را دیدید گفتید حال که اینطور شد از آخر صف، یکی در میان، اولی اعدام شود و بعدی به حبس ابد رود...
صادق خلخالی : آن خنده شیطانی بود. دقیقا آن صحنه را به یاد دارم....
پیام فضلی‌نژاد : خنده آن فرد شیطانی بود، مثلاً. گناه بقیه متهمان چه بود؟! و اصلاً مگر خنده دلیل اثبات اتهامی است؟!
صادق خلخالی: الان شما می‌آئید از دلیل و اثبات دلیل حرف می‌زنید. آن موقع این چیزها نبود اصلاً. می‌گفتند فلانی ضدانقلاب است ما هم اعدامش می‌کردیم. آن دسته هم که گفتی همه شان محارب بودند. حبس ابد هم با اعدام که زیاد فرقی نمی‌کرد...» [83]
 
خلخالی در مصاحبه آذر ۵۹ آمار تکان‌دهنده‌ای به دست می‌دهد و در مورد تعداد اعدام شدگان می‌‌گوید: 
«اینها که اعدام شده‌اند [محکومین مواد مخدر] شاید ۴۰۰ نفر باشند. اما اعدام همه آنها را من نداده‌ام، ولی بنام من تمام شده است. البته قضاتی از طرف من بوده‌اند. خلخالی در پاسخ سوال خبرنگار مجارستان گفت: کلا ۱۲۰۰ نفر ضد انقلاب و ۴۰۰ نفر در رابطه با مواد مخدر اعدام شده‌اند. » [84]
 
ظاهراً خلخالی به اعتبار حکمی که بنی‌صدر به او داده بود، قضاتی را نیز به عنوان حاکم شرع نصب کرده است.
 
وی پس از ۷ ماه و نیم از سرپرستی دادگاه انقلاب ویژه مبارزه با مواد مخدر استعفا کرد.
 
برکناری بنی‌صدر و کندن قبر مجاهدین
فردای ۳۰ خرداد و در حالی که هنوز جوخه‌‌های اعدام رسماً شروع به کار نکرده بودند، خلخالی به عنوان یکی از نمایندگان هوچی‌گر مجلس شورای اسلامی که معرکه‌‌‌گردان هم بود، به میدان آمد تا زمینه‌ی کشتار را فراهم کند. وی در جلسه‌ی صبح مجلس در ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ ضمن اشاره به تظاهرات روز گذشته‌ی هواداران مجاهدین گفت: «حتی اگر امام فرمان تصفیه هم ندهند حزب‌الله خود آنها را تصفیه خواهند کرد. ... قبر مجاهدین خلق را در خیابان‌های تهران خواهیم کند.» [85]
 
تلاش خلخالی برای اعدام پاسداران و نظامیان درگیر در جنگ
 
پس از صدور فرمان خمینی در دوم مردادماه ۱۳۶۷ مبنی بر تشکیل دادگاه‌های صحرایی و محاکمه و اعدام پاسداران و نظامیانی که در جبهه‌ها باعث شکست نیروهای نظامی شده‌ بودند، خلخالی از رفسنجانی که فرمانده کل قوا بود خواست اداره‌ی این دادگاه‌ها را به او بسپارد. اما رفسنجانی با این ایده موافقت نکرد و از او خواست «با همکاری جمعی از خبرگان و آگاهان نظامی محورهای عملیاتی و مراکز نظامی جبهه‌ها را مورد رسیدگی قرار داده» و «به منظور بالا رفتن انضباط و وظیفه‌شناسی و تشویق و تنبیه افراد خدمتگزار یا متخلف برای فرماندهی و مراکز تصمیم‌گیری مربوط گزارش و نظریه تهیه» نماید. [86]
رفسنجانی تأکید می‌کند خلخالی در سفر به اهواز همراه او بود و در آن‌جا اصرار می‌کند که سه نفر از فرماندهان سپاه پاسداران را به خاطر قصور در جنگ و شکست در فاو اعدام کند. [87]
 
خلخالی تا پایان حیات خمینی از نزدیکان وی بود و به خاطر محاکمه‌های جنجالیش هرگز محاکمه نشد، در حالی که خمینی به خاطر قتل علی فدایی، مرتضی فهیم کرمانی را از قضاوت محروم کرد.  خلخالی با پشتیبانی مستقیم خمینی رد صلاحیت نشد و نماینده سه دوره نخست مجلس شورای اسلامی و دوره اول مجلس خبرگان بود. رد صلاحیت وی از سوی حاکمیت پس از درگذشت خمینی، ربطی به محاکمه‌هایش نداشت.
 
نفرت از نیروهای ملی و ملی‌مذهبی
 
در ابتدای انقلاب وی مخالف سرسخت نیروهای ملی از جمله نهضت آزادی و به ویژه مهندس بازرگان بود.
او در بهار ۱۳۶۱ خواستار برخورد حذفی با آیت‌الله سیدکاظم شریعتمداری بود و در ماجرای اتهام کودتای قطب‌زاده در زیر ورقه اعتراض نمایندگان مجلس اول نوشته‌بود: «اصل کار، خود شریعتمداری است که باید اعدام شود». خلخالی در دوم اردیبهشت ۱۳۵۸ در مقاله‌ای با عنوان «بهانه‌ها را از دست خائنان باید گرفت» بر علیه حزب جمهوری اسلامی خلق مسلمان ایران که وابسته به آیت‌الله شریتعمداری بود موضع‌گیری کرد و خواهان انحلال آن شد؛ چرا که خمینی گفته بود «جمهوری اسلامی» نه یک کلمه کم و نه یک کلمه زیاد و به ادعای خلخالی این حزب در مقابل «حزب جمهوری اسلامی» ایجاد شده بود و باعث تفرقه می‌شد. انتشار این مقاله باعث خشم مردم تبریز و قم شد و درگیری‌های زیادی را موجب شد.
اما در اواخر عمر همگام با اصلاح طلبان، با احترام از شریعتمداری در جلد دوم خاطراتش یاد کرد و اجازه‌نامه‌های خود از شریعتمداری را منتشر نمود. موضع وی نسبت به بازرگان نیز در طول زمان تغییر کرد و در سال‌های آخر عمرش به ثناگویی از مهدی بازرگان پرداخت و در تشییع جنازه وی گریست.
حمایت‌ وی از آیت‌الله منتظری نیز سودی به حالش نداشت و شرکت روزانه او در نماز جماعت دفتر آیت‌الله منتظری نیز دردی از او دوا نکرد. وی پس از درگذشت اراکی از مردم خواست که مقلد آیت‌الله منتظری شوند و خود نیز تا پایان عمر از مدافعان و همراهان منتظری باقی ماند.
 
تئوری‌های خلخالی و میزان سواد او
 
خلخالی کتاب مقدس (bible)  را کتابی مهمل و دروغ‌های شرم‌آور خواند و یهودیان را «قومی جنایتکار» معرفی می‌کرد.
وی کتابی با عنوان «کوروش دروغین و جنایتکار» نگاشته و ادعا می‌کند قصد داشته به مناسبت جشن‌های ۲۵۰۰ ساله آن را منتشر کند. در این رساله او کوروش را «سفاک و خونریز» نامید و به لواط و بی‌بندوباری متهم کرد و طرح عظمت او در ایران را سیاستی استعماری و توطئه یهود دانست. این رساله بخشی از کتاب خاطرات وی است که تحت نام «ایام انزوا» انتشار یافت.
خلخالی همچنین در سخنرانی خود در دانشکده دکتر علی شریعتی دانشگاه مشهد، فردوسی را مورد حمله قرار داد و گفت:‌
«فردوسی از رستم خیالی و پادشاهان تعریف کرده، در حالیکه در کتاب خود یک کلمه هم از انسان و انسانیت نامی نبرده است. شاهنامه فردوسی شاهنامه نیرنگ و دورغ و سرگرم‌کننده مردم بدبخت ماست.»
 
او همچنین از دشمنان علی‌اکبر دهخدا یکی از بزرگترین ادبای ایران بود. او در مورد دهخدا می‌گوید:
«نوشته‌های دهخدا در لغت‌نامه و تعریف او از پهلوی رضاخان و محمدرضا خان موجود است. او یک کلمه از قرآن نگفته اهل نماز و روزه و دین نبوده است، علمای قزوین او را تکفیر کردند.... لغت‌نامه دهخدا من حیث‌المجموع خطری برای دین و اسلام دارد، همچون کتاب تاریخ ویل‌دورانت. مصدق‌السلطنه می‌خواست پس از اعلام جمهوری، دهخدا را به عنوان رئیس جمهور معرفی کند.» [88]
 
محمد قائد در مورد بیسوادی خلخالی که حکم قضاوت خود را مستقیماً از خمینی دریافت کرد می‌نویسد:‌
«در کتاب خلخالی با نام خاطرات در تبعید یا نقش استعمار در کشورهای جهان سوم جملاتی از قبیل «ماشین با تمام عجله حرکت می‌کرد» دیده می‌شود. کتاب ۱۸۷ صفحه‌‌ای از نظر وفور اشتباهات انشایی، تاریخی، موضوعی و املایی (انجیل به جای انجیر، تمتراق به جای طمطراق، میون به جای میان و غیره) جزو عجایب چاپ و نشر در زبان فارسی است و نشان می‌دهد نویسنده‌اش نمی‌تواند مدرسه ابتدایی را با موفقیت به پایان رسانده باشد. » [89]
 
خلخالی پس از یک انزوای ده‌ساله در آذرماه ۱۳۸۲ درگذشت. «کروبی، رئیس مجلس، خدمات و مجاهدات آیت‌الله خلخالی را از صفحات زرین تاریخ انقلاب اسلامی دانست و مجمع روحانیون مبارز که محمد خاتمی، رئیس جمهور، از اعضای شاخص آن است، از او به عنوان یاور صدیق آیت‌الله خمینی و خدمتگزار ایثارگر مردم اسم برد و از همگان دعوت کرد که در مجلس ترحیم او شرکت کنند.» [90]
 


[3]   ایام انزوا،خاطرات آیت‌الله خلخالی،نشریه سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۱۶.
[4]   در حکمی که احمد جنتی از خمینی دریافت کرد، آمده بود که «مجرمین طاغوتی» را محاکمه کند. وی در تهران و  اهواز تعدادی از «طاغوتیان» را محاکمه و اعدام کرد. او در زمره‌ی کسانی بود که تحت عنوان تدوین‌ و اصلاح‌ ساختار قضایی‌ کشور به نابودی دادگستری و حاکم کردن شریعت پرداخت.
[5]   http://aftabnews.ir/vdca.inmk49n065k14.html
[6]   http://www.fardanews.com/fa/news/736544
[7]   ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۱۹۴
[8]   شیخ صادق خلخالی، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، جلد اوٌل، ص. ۳۵۲.
[9]   روزنامه اطلاعات، پنج‌شنبه ۱۶ فروردین ۱۳۵۸، ص ۲.
[10]   http://www.farsnews.com/printable.php?nn=13930118000624
[11]   http://www.yektube.com/watch.php?vid=5a8bea9de
[14]   https://www.youtube.com/watch?v=gXIegvW3gas
[15]   روزنامه‌ی اطلاعات دوشنبه ۲۰ فروردین ۱۳۵۸، ص ۸. 
[16]   سرمقاله درود بر دادگاه‌های انقلابی: نشریه مردم، دوره‌‌ی هفتم، سال اول، شماره ۵ چهارشنبه ۲۲ فروردین ۵۸
[17]   سرمقاله برنده باد تصمیمات دادگاه‌های انقلاب، تبلور خشم و آگاهی انقلابی توده‌ها نشریه مردم، دوره‌‌ی هفتم، سال اول، شماره ۱۴ چهارشنبه ۲۶ اردیبهشت ۵۸ .
[18]   روزنامه اطلاعات، پنج‌شنبه ۲۳ فروردین ۱۳۵۸، ص ۸.
[19]   روزنامه کیهان ، سه شنبه ۲۸ فروردین ۱۳۵۸.
[20]   روزنامه اطلاعات، چهارشنبه ۲ خرداد ۱۳۵۸، ص ۱ و ۲. 
[21]   روزنامه اطلاعات، پنج‌شنبه ۳ خرداد ۱۳۵، ص ۱۱.
[22]   روزنامه مردم، ارگان مرکزی حزب توده ایران، شماره‌ی ۱۹، دوشنبه ۷ خرداد ۱۳۵۸.
[23]   مقاله خشم مقدس خلق! پیکار شماره ۳، دوشبه ۲۴ اردیبهشت ۱۳۵۸ ارگان سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر
[24]   مقاله دادگاه خلق، قدمی در راه حاکمیت مردم بر سرنوشت خود، مجاهد شماره ۳ صفحه‌ی ۷ .پانزده مرداد ۵۸
[25]   مقاله دادگاه‌های انقلاب را باید پشتیبانی کرد نه تخطئه! نشریه مردم، دوره‌‌ی هفتم، سال اول، شماره ۱۵ شنبه ۲۹ اردیبهشت ۵۸
[26]   مقاله پیام دادگاه انقلاب، یک پرسش قاطع، یک پاسخ قاطع نشریه مردم، دوره‌‌ی هفتم، سال اول، شماره ۱۷ پنج شنبه ۳ خرداد ۵۸
[27]   مقاله دادگاه خلق قدمی در راه حاکمیت مردم بر سرنوشت خود، مجاهد شماره ۳ صفحه‌ی‌۷ پانزده مرداد ۵۸
[28]   مقاله دادگاه خلق، قدمی در راه حاکمیت مردم بر سرنوشت خود، مجاهد شماره ۳ صفحه‌ی ۷ .پانزده مرداد ۵۸
[29]   مقاله محاکمه و اعدام مزدوران نشانه‌ای از قدرت انقلابی توده هاست، نشریه کار شماره ۶ پنج شنبه ۲۳ فروردین ۱۳۵۸ ارگان سازمان چریک‌های فدایی خلق ایران
[30]   مقاله احکام دادگاه‌‌های انقلابی بر حق است، نشریه رنجبر ارگان مرکزی سازمان انقلابی، اردیبهشت ۵۸ ص-۶
[31]   سرمقاله عفو جنایتکاران و خیانت پیشگان نیروهای مسلح ضربه به منافع خلق‌هاست، پیکار شماره ۱۱، دوشبه ۱۸ تیر ۱۳۵۸ ارگان سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر
[32]   روزنامه‌ی اطلاعات ۲۸ بهمن ۵۷.  
[33]   رزونامه کیهان، سه‌شنبه ۸ خرداد ۱۳۵۸، ص ۵.
[34]   هادوی بعد از دو ماه و نیم از دادستانی انقلاب استعفا کرد و پس از ۴۰ روز پذیرفته شد.
[35]   ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۱۹۵.
[36]   http://farsi.rouhollah.ir/library/sahifeh?volume=9&page=282
[37]   روزنامه اطلاعات پنج‌شنبه ۱ شهریور ۱۳۵۸ ، ص ۱۲.
[38]   روزنامه اطلاعات سه‌شنبه ۶ شهریور ۱۳۵۸، ص ۱۲.
[39]   روزنامه اطلاعات شنبه ۳ شهریور ۱۳۵۸، ص ۲.
[40]    هرمز هم جاودانه شد. یادنامهٔ هرمز گرجی‌بیانی، کرمانشاه؛ ۱۳۵۸. ص۶۴
[41]   ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۶۷
[42]   http://tarikhirani.ir/fa/files/39/bodyView/386
[43]   ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۵۹
[44]  روزنامه اطلاعات ۵شنبه ۱۸ بهمن ۱۳۵۸ ص ۱.
[45]  روزنامه اطلاعات ۵شنبه ۱۸ بهمن ۱۳۵۸ ص ۱.
[46]  روزنامه اطلاعات ۳شنبه ۲۳ بهمن ۱۳۵۸ ص ۱۱.
[47]  روزنامه اطلاعات ۴شنبه ۲۴ بهمن ۱۳۵۸ ص ۱۱.
[48]   ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۵۷
[49]   روزنامه اطلاعات دوشنبه ۶ اسفند ۱۳۵۸ صفحات ۱ و ۴
[50]   روزنامه اطلاعات سه شنبه ۷ اسفند ۱۳۵۸ صفحه ۲.
[51]   برای تاریخ می‌گویم، خاطرات محسن رفیق‌دوست به کوشش سعید علامیان. ۱۳۵۷- ۱۳۶۸ انتشارات سوره مهر ص ۱۴۲.
[52]   روزنامه اطلاعات ۱ شنبه ۱۹ اسفند ۱۳۵۸ صفحه ۲.
[53]   روزنامه اطلاعات سه شنبه ۷ اسفند ۱۳۵۸ صفحه ۲.
[54]   فروتن در دو مقطع ۶۳-۶۴ و پس از کشتار ۶۷ رئیس زندان اوین شد.
[55]   روزنامه اطلاعات ۵ شنبه ۹ اسفند ۱۳۵۸ صفحه ۱۴.
[56]   روزنامه اطلاعات ۵ شنبه ۹ اسفند ۱۳۵۸ صفحه ۱۴.
[57]  روزنامه آزادگان، ۲۸شهريور۱۳۶۳
[58]     ایام انزوا، خاطرات آیت‌‌الله منتظری ، نشر سایه، چاپ اول پاییز ۱۳۸۰، ص ۲۹.
[59]   روزنامه اطلاعات ۱ شنبه ۱۲ اسفند ۱۳۵۸ صفحه ۲.
[60]   ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۲۹
[61]   روزنامه اطلاعات، دوشنبه ۸ اردیبهشت ۱۳۵۹، ص ۱ و ۱۲.
[62]   روزنامه اطلاعات ۲۸ اردیبهشت ۱۳۵۹.
[63]   روزنامه اطلاعات شنبه ۲۲ دیماه ۱۳۵۸ ص ۱۲.
[64]   روزنامه اطلاعات، پنج‌شنبه ۱۲ تیر ۱۳۵۹، ص ۲.
[65]   خاطرات آیت‌الله خلخالی، جلد اول، صفحات ۳۴۱ تا ۳۵۱ به نقل از رجانیوز.
[67]   http://www.isna.ir/news/95090603818
[68]   روزنامه انقلاب اسلامی، ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹، شماره ۲۵۱، ص۱.
[69]   روزنامه انقلاب اسلامی ۲۱ اردیبهشت ۱۳۵۹، شماره ۲۵۲، ص۱ و ۲.
[70]   روزنامه اطلاعات، یک‌شنبه ۹ آذر ۱۳۵۹، ص ۹.
[71]  در بهار ۱۳۵۹ اندکی بعد از به ریاست جمهوری رسیدن بنی‌صدر، مجاهدین از طریق یکی از نفوذی‌های خود به نام کفایتی که رابطه‌ی نزدیکی با آیت‌ داشت، نوار صحبت‌های او با تنی چند از دانشجویان وابسته به حزب جمهوری اسلامی را به دست بنی‌صدر رساندند و او با افشای آن در روزنامه‌ی انقلاب اسلامی نسبت به آن واکنش نشان داد. گفته‌های حسن آیت در این نوار حاکی از برنامه‌های حزب جمهوری اسلامی برای برکناری بنی‌صدر و قبضه‌ی قدرت بود.
[72]   روزنامه اطلاعات، چهارشنبه ۱۷ دیماه ۱۳۵۹، ص ۲.
[73]   https://www.tasnimnews.com/fa/news/1396/07/18/1540942
[74]   انقلاب اسلامی، شنبه ۱۴ تیر ۱۳۵۹، ش۲۹۵، ص۱۰.
[75]   http://kadivar.com/?p=15715
[76]    روزنامه‌های دوشنبه ۲۳ تیر ۱۳۵۹: انقلاب اسلامی، ص۱۰؛ اطلاعات، ص۳.
[77]   صحیفه نور ج۱۲ ص۲۵۳-۲۵۷.

[79]    https://www.tribunezamaneh.com/archives/106133
[84]   روزنامه کیهان، ۱۸ آذر ۱۳۵۹.
[85]   روزنامه کیهان ۳۱خرداد ۱۳۶۰
 [86]  ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۵۵.
[87]   https://www.youtube.com/watch?v=rN2XHjceTic
[88]   ایام انزوا، خاطرات آیت‌الله خلخالی، نشر سایه، چاپ اول، صفحه‌ی ۲۰۶.
[89]   http://www.mghaed.com/ay/hanging_judge.PDF
[90]   http://www.bbc.com/persian/iran/story/2003/11/031129_ss-khalkhali.shtml
منبع:رادیو زمانه

هیچ نظری موجود نیست: